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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b5u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Quinonoid dihydropteridine reductase from Leishmania donovani | ||||||
要素 | Quinonoid dihydropteridine reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / QDPR / LEISHMANIA | ||||||
機能・相同性 | 6,7-dihydropteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Quinonoid dihydropteridine reductase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Robinson, D.A. / Fairlamb, A.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Quinonoid dihydropteridine reductase from Leishmania donovani 著者: Robinson, D.A. / Fairlamb, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b5u.cif.gz | 60.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b5u.ent.gz | 41.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b5u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b5u_validation.pdf.gz | 424.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b5u_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8b5u_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b5u_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dirS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25852.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: CGC21_27355, LdCL_340051200, LdCL_340051500, LDHU3_34.6510 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S5H7Y1, 6,7-dihydropteridine reductase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13-18% PEG 8000, 20% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→48.58 Å / Num. obs: 29308 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 21.6 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DIR 解像度: 1.8→47.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.485 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.28 Å2 / Biso mean: 41.637 Å2 / Biso min: 24.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→47.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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