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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b5t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Quinonoid dihydropteridine reductase from Leishmania major | ||||||
![]() | Quinonoid dihydropteridine reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / QDPR / LEISHMANIA | ||||||
機能・相同性 | ![]() 1.6.99.7 / 6,7-dihydropteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NADH binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / NADPH binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robinson, D.A. / Fairlamb, A.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Quinonoid dihydropteridine reductase from Leishmania major 著者: Robinson, D.A. / Fairlamb, A.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dirS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23707.775 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: QDPR-7, QDPR, QDPR-2, QDPR-3, QDPR-4, QDPR-5, QDPR-6, LMJF_34_4360, LMJF_34_4390, LMJF_34_4420, LMJF_34_4450, LMJF_34_4480, LMJF_34_4510 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4Q290, 6,7-dihydropteridine reductase, 1.6.99.7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 15% PEG4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Na ACETATE pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92045 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→39.5 Å / Num. obs: 39899 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3192 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 98.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DIR 解像度: 2.1→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.131 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.29 Å2 / Biso mean: 36.974 Å2 / Biso min: 14.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→39.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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