PDB-8b5o: Structure of haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b5o

タイトル

Structure of haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum at pH 5.5

要素

Haloalkane dehalogenase DhaA

キーワード

HYDROLASE / haloalkane dehalogenase / enzyme

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / ACETATE ION / FORMIC ACID / Haloalkane dehalogenase DhaA

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.597 Å

データ登録者

Snajdarova, K. / Marek, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum.
著者: Snajdarova, K. / Marques, S.M. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Marek, M.

履歴

登録	2022年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b5o.cif.gz	476.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b5o.ent.gz	392.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b5o_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b5o_full_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示
XML形式データ	8b5o_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	8b5o_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b5kSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Haloalkane dehalogenase DhaA

B: Haloalkane dehalogenase DhaA

C: Haloalkane dehalogenase DhaA

D: Haloalkane dehalogenase DhaA

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Haloalkane dehalogenase DhaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
33.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Haloalkane dehalogenase DhaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Haloalkane dehalogenase DhaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Haloalkane dehalogenase DhaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.699, 60.766, 104.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Haloalkane dehalogenase DhaA 分子量: 33226.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 遺伝子: dhaA, MMAR_4113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HR89
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: ammonium acetate, Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.597→47.71 Å / Num. obs: 144169 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 1.6→1.62 Å

冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
5.9	1.291	6892	0.49	0.565	1.414	96
6.4	0.042	949	0.998	0.018	0.046	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14-3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8B5K

8b5k

解像度: 1.597→43.702 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	7081	4.91 %
R_work	0.1977	137035	-
obs	0.1997	144116	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.14 Å² / B_iso mean: 29.3224 Å² / B_iso min: 9.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.597→43.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8883	0	85	710	9678
B_iso mean	-	-	42.39	32.29	-
残基数	-	-	-	-	1126

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5974-1.6155	0.3468	208	0.3126	4375	95
1.6155-1.6345	0.29	220	0.2857	4503	98
1.6345-1.6544	0.2925	249	0.2623	4519	98
1.6544-1.6754	0.2983	247	0.2606	4437	98
1.6754-1.6974	0.3149	252	0.2597	4483	98
1.6974-1.7207	0.294	237	0.2488	4523	99
1.7207-1.7453	0.2629	226	0.2309	4561	98
1.7453-1.7713	0.2711	230	0.2245	4527	99
1.7713-1.799	0.2731	234	0.2274	4509	98
1.799-1.8285	0.2703	213	0.222	4620	99
1.8285-1.86	0.288	231	0.2297	4542	99
1.86-1.8939	0.2771	213	0.2293	4558	99
1.8939-1.9303	0.3071	218	0.2542	4536	99
1.9303-1.9697	0.2516	217	0.2067	4553	98
1.9697-2.0125	0.2323	235	0.2071	4602	100
2.0125-2.0593	0.2766	268	0.2084	4536	99
2.0593-2.1108	0.2706	216	0.2104	4518	98
2.1108-2.1679	0.2401	268	0.1896	4586	99
2.1679-2.2317	0.2233	237	0.1938	4590	100
2.2317-2.3037	0.2625	249	0.2079	4516	99
2.3037-2.386	0.229	226	0.1902	4644	99
2.386-2.4816	0.2262	271	0.1892	4553	100
2.4816-2.5945	0.2241	254	0.1865	4593	100
2.5945-2.7313	0.2281	248	0.1904	4608	100
2.7313-2.9024	0.2388	216	0.1858	4648	100
2.9024-3.1264	0.2401	243	0.1892	4606	100
3.1264-3.4409	0.2007	233	0.1778	4644	100
3.4409-3.9385	0.2365	241	0.1807	4652	100
3.9385-4.961	0.1952	231	0.1676	4708	100
4.961-43.702	0.2089	250	0.1878	4785	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.9065 Å / Origin y: -7.0357 Å / Origin z: 26.7306 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1874 Å²	-0.0154 Å²	-0.0172 Å²	-	0.0931 Å²	0.0058 Å²	-	-	0.0981 Å²
L	0.2123 °²	-0.0212 °²	-0.0351 °²	-	0.3652 °²	-0.0222 °²	-	-	0.3599 °²
S	0.0204 Å °	0.0251 Å °	-0.0198 Å °	-0.1464 Å °	0.0167 Å °	0.0519 Å °	0.0523 Å °	-0.0168 Å °	-0.024 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	601 - 901
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 801
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	901 - 1001
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	401 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	601
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	701 - 901
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1001
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1101
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 301
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 714

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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