PDB-8b5m: Crystal structure of GH47 alpha-1,2-mannosidase from Caulobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b5m

タイトル

Crystal structure of GH47 alpha-1,2-mannosidase from Caulobacter K31 strain in complex with cyclosulfamidate inhibitor

要素

Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate / Mannosidase / Inverting

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / endoplasmic reticulum mannose trimming / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Males, A. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GH47 and Cyclosulfamidate
著者: Males, A. / Davies, G.J. / Artola, M. / Overkleeft, H.S.

履歴

登録	2022年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b5m.cif.gz	203.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b5m.ent.gz	154.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b5m_validation.pdf.gz	813 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b5m_full_validation.pdf.gz	814.3 KB	表示
XML形式データ	8b5m_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	8b5m_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ayoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase

ヘテロ分子

50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.134, 144.134, 50.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase 分子量: 50520.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caulobacter (バクテリア) / 株: K31 / 遺伝子: Caul_4035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B0SWV2, mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-5OV / (3aR,4S,5S,6R,7R,7aS)-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3a,4,5,6,7,7a-hexahydro-3H-benzo[d][1,2,3]oxathiazole-4,5,6-triol / Cyclophellitol Sulfamidate probe KK131 分子量: 255.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃NO₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 23% PEG3350, 0.1 M MES pH 7.0, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.799 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.799 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→72.07 Å / Num. obs: 230864 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 1.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 11558 / CC_1/2: 0.605 / R_pim(I) all: 0.49 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AYO

4ayo

解像度: 0.97→72.067 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 0.309 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.148	11679	5.059 %
R_work	0.1373	219185	-
all	0.138	-	-
obs	-	230864	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.041 Å²	-0.021 Å²	0 Å²
2-	-	-0.041 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→72.067 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	19	687	4152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.919	1.645	5045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.698	1.58	7776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.493	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.543	21.256	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.651	15	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.508	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.052	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.704	0.614	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.698	0.613	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.038	0.926	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.04	0.927	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.238	0.735	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.237	0.735	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.759	1.063	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.758	1.063	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.284	8.487	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.643	7.502	4348

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.97-0.995	0.26	896	0.254	16188	0.254	17084	0.846	0.848	100	0.259
0.995-1.022	0.233	818	0.226	15881	0.226	16699	0.892	0.89	100	0.229
1.022-1.052	0.213	817	0.207	15379	0.207	16196	0.912	0.912	100	0.207
1.052-1.084	0.194	814	0.186	14865	0.187	15679	0.93	0.933	100	0.184
1.084-1.12	0.179	772	0.17	14501	0.17	15273	0.943	0.945	100	0.166
1.12-1.159	0.177	774	0.16	13924	0.161	14698	0.949	0.953	100	0.154
1.159-1.203	0.155	703	0.149	13534	0.149	14237	0.96	0.963	100	0.142
1.203-1.252	0.161	661	0.145	13051	0.146	13712	0.959	0.964	100	0.137
1.252-1.308	0.149	659	0.142	12441	0.142	13100	0.966	0.966	100	0.134
1.308-1.372	0.137	640	0.133	11943	0.133	12583	0.971	0.972	100	0.125
1.372-1.446	0.142	598	0.128	11299	0.129	11897	0.971	0.972	100	0.12
1.446-1.534	0.132	572	0.118	10711	0.119	11283	0.975	0.977	100	0.111
1.534-1.639	0.12	563	0.111	10029	0.111	10592	0.98	0.981	100	0.104
1.639-1.771	0.124	548	0.109	9333	0.11	9881	0.98	0.982	100	0.103
1.771-1.94	0.128	416	0.115	8654	0.115	9070	0.979	0.981	100	0.109
1.94-2.168	0.122	408	0.111	7799	0.111	8207	0.981	0.983	100	0.106
2.168-2.503	0.111	366	0.106	6883	0.106	7249	0.984	0.984	100	0.102
2.503-3.065	0.107	282	0.114	5824	0.114	6106	0.984	0.983	100	0.111
3.065-4.331	0.149	241	0.118	4482	0.12	4723	0.973	0.979	100	0.115
4.331-72.067	0.174	131	0.161	2463	0.161	2595	0.975	0.975	99.9615	0.161

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