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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b5m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GH47 alpha-1,2-mannosidase from Caulobacter K31 strain in complex with cyclosulfamidate inhibitor | ||||||
![]() | Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Carbohydrate / Mannosidase / Inverting | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Males, A. / Davies, G.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: GH47 and Cyclosulfamidate 著者: Males, A. / Davies, G.J. / Artola, M. / Overkleeft, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 814.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ayoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50520.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B0SWV2, mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-5OV / ( | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 23% PEG3350, 0.1 M MES pH 7.0, 0.2 M ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.799 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.97→72.07 Å / Num. obs: 230864 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 11558 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.49 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4AYO 解像度: 0.97→72.067 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.309 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.642 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→72.067 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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