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- PDB-8b5k: Structure of haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5k
タイトルStructure of haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum at pH 6.5
要素Haloalkane dehalogenase DhaA
キーワードHYDROLASE / haloalkane dehalogenase / enzyme
機能・相同性Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / FORMIC ACID / Haloalkane dehalogenase DhaA
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Snajdarova, K. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation22-09853S チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum.
著者: Snajdarova, K. / Marques, S.M. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Marek, M.
履歴
登録2022年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase DhaA
B: Haloalkane dehalogenase DhaA
C: Haloalkane dehalogenase DhaA
D: Haloalkane dehalogenase DhaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,46122
ポリマ－132,9064
非ポリマー1,55518
水10,431579
1
A: Haloalkane dehalogenase DhaA
B: Haloalkane dehalogenase DhaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0059
ポリマ－66,4532
非ポリマー5537
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Haloalkane dehalogenase DhaA
D: Haloalkane dehalogenase DhaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,45613
ポリマ－66,4532
非ポリマー1,00311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.816, 61.381, 106.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Haloalkane dehalogenase DhaA


分子量: 33226.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
遺伝子: dhaA, MMAR_4113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HR89

-
非ポリマー , 5種, 597分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: potassium phosphate, Bis-Tris propane, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→48.37 Å / Num. obs: 97565 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 1.85→1.88 Å

冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
5.81.66246390.3830.741.82597.1
6.30.0346380.9990.0140.03798.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14-3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MJ5

1mj5


解像度: 1.849→44.073 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 4800 4.92 %
Rwork0.191 92678 -
obs0.1935 97478 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.71 Å2 / Biso mean: 28.1315 Å2 / Biso min: 12.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.849→44.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8959 0 102 579 9640
Biso mean--43.26 32.87 -
残基数----1135
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8494-1.87050.37891520.3443298695
1.8705-1.89250.32451730.31062986100
1.8925-1.91560.36161720.30163109100
1.9156-1.93980.38631590.29713025100
1.9398-1.96530.27681730.26333062100
1.9653-1.99220.29551530.24453062100
1.9922-2.02070.31671590.25043086100
2.0207-2.05090.3281650.24923123100
2.0509-2.08290.3061280.24873059100
2.0829-2.11710.31241510.22983116100
2.1171-2.15360.30191540.2233049100
2.1536-2.19270.28651550.21813113100
2.1927-2.23490.27941590.223056100
2.2349-2.28050.29921520.22593116100
2.2805-2.33010.26261520.20783040100
2.3301-2.38430.30111490.20113122100
2.3843-2.44390.26161450.20543099100
2.4439-2.510.27441740.2013080100
2.51-2.58380.25581580.20343094100
2.5838-2.66720.26171610.19623101100
2.6672-2.76260.2591530.20113098100
2.7626-2.87310.26121650.18923084100
2.8731-3.00390.23871760.19353089100
3.0039-3.16220.25021720.19763092100
3.1622-3.36030.23411590.17583100100
3.3603-3.61960.20451570.16433140100
3.6196-3.98360.18191580.14913110100
3.9836-4.55960.15521610.1313110100
4.5596-5.74260.18371820.14063139100
5.7426-44.0730.1911730.16093232100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.2516 Å / Origin y: -6.9044 Å / Origin z: 26.7575 Å
111213212223313233
T0.2614 Å2-0.0021 Å20.0074 Å2-0.1224 Å2-0.002 Å2--0.1343 Å2
L0.2385 °20.0009 °20.0577 °2-0.2788 °2-0.0128 °2--0.2028 °2
S0.009 Å °-0.0097 Å °-0.0075 Å °-0.124 Å °-0.0001 Å °0.0187 Å °0.053 Å °0.0191 Å °-0.0095 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 284
2X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allA601
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 284
5X-RAY DIFFRACTION1allB301 - 601
6X-RAY DIFFRACTION1allB801
7X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 284
8X-RAY DIFFRACTION1allC401 - 1301
9X-RAY DIFFRACTION1allC1401 - 1501
10X-RAY DIFFRACTION1allC1601
11X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 501
12X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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