PDB-8b5j: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-1,3-dimet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b5j

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-1,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR COMPLEX BROMODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Chung, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification and Optimization of a Ligand-Efficient Benzoazepinone Bromodomain and Extra Terminal (BET) Family Acetyl-Lysine Mimetic into the Oral Candidate Quality Molecule I-BET432.
著者: Humphreys, P.G. / Anderson, N.A. / Bamborough, P. / Baxter, A. / Chung, C.W. / Cookson, R. / Craggs, P.D. / Dalton, T. / Fournier, J.C.L. / Gordon, L.J. / Gray, H.F. / Gray, M.W. / Gregory, R. ...

履歴

登録	2022年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b5j.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b5j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b5gC 8b5hC 8b5iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.802, 52.416, 31.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-643- HOH
2	1	AAA-781- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-P3R / (5~{R})-7,8-dimethoxy-3,5-dimethyl-2,5-dihydro-1~{H}-3-benzazepin-4-one 分子量: 249.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→52.42 Å / Num. obs: 15172 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.016 / Net I/σ(I): 47.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique obs: 1762 / CC_1/2: 0.957 / % possible all: 69.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house

解像度: 1.603→35.927 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.564 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1707	728	4.814 %
R_work	0.1459	14393	-
all	0.147	-	-
obs	-	15121	91.781 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.264 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.254 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→35.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	931	0	54	217	1202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.288	1.664	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.324	1.619	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.635	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.899	21.754	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.663	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.154	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.901	1.571	476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.849	1.564	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.554	3.51	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.56	3.52	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.288	1.911	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.287	1.913	579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.153	4.06	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.152	4.063	809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.78	17.212	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.778	17.225	1316

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.603-1.644	0.248	39	0.19	661	X-RAY DIFFRACTION	59.5745
1.644-1.689	0.257	41	0.174	825	X-RAY DIFFRACTION	72.8956
1.689-1.738	0.174	42	0.151	940	X-RAY DIFFRACTION	88.9493
1.738-1.791	0.165	64	0.149	978	X-RAY DIFFRACTION	93.0357
1.791-1.85	0.158	40	0.14	966	X-RAY DIFFRACTION	95.175
1.85-1.915	0.132	35	0.145	953	X-RAY DIFFRACTION	95.6438
1.915-1.987	0.19	38	0.141	928	X-RAY DIFFRACTION	96.2151
1.987-2.068	0.146	41	0.139	895	X-RAY DIFFRACTION	96.2963
2.068-2.16	0.127	35	0.122	851	X-RAY DIFFRACTION	96.7249
2.16-2.265	0.21	45	0.129	829	X-RAY DIFFRACTION	97.4359
2.265-2.387	0.148	28	0.136	792	X-RAY DIFFRACTION	96.9267
2.387-2.531	0.187	43	0.133	745	X-RAY DIFFRACTION	97.6456
2.531-2.705	0.149	47	0.134	703	X-RAY DIFFRACTION	98.4252
2.705-2.921	0.178	33	0.151	681	X-RAY DIFFRACTION	98.3471
2.921-3.198	0.197	33	0.153	617	X-RAY DIFFRACTION	99.2366
3.198-3.573	0.174	37	0.137	562	X-RAY DIFFRACTION	99.3366
3.573-4.121	0.127	31	0.141	497	X-RAY DIFFRACTION	98.5075
4.121-5.035	0.188	22	0.145	431	X-RAY DIFFRACTION	97.8402
5.035-7.071	0.198	24	0.197	338	X-RAY DIFFRACTION	97.5741
7.071-35.927	0.162	10	0.22	201	X-RAY DIFFRACTION	87.9167

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.6522 Å / Origin y: 9.918 Å / Origin z: 0.4991 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0013 Å²	0.0001 Å²	0.0026 Å²	-	0.004 Å²	0.0024 Å²	-	-	0.012 Å²
L	0.8646 °²	0.0657 °²	0.1252 °²	-	0.3895 °²	0.0127 °²	-	-	0.0292 °²
S	0.0234 Å °	0.0114 Å °	0.0087 Å °	0.0056 Å °	-0.0127 Å °	-0.0027 Å °	0.0016 Å °	-0.0018 Å °	-0.0107 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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