PDB-8b5i: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-1,3-dimet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b5i

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-1,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR COMPLEX BROMODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.604 Å

データ登録者

Chung, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification and Optimization of a Ligand-Efficient Benzoazepinone Bromodomain and Extra Terminal (BET) Family Acetyl-Lysine Mimetic into the Oral Candidate Quality Molecule I-BET432.
著者: Humphreys, P.G. / Anderson, N.A. / Bamborough, P. / Baxter, A. / Chung, C.W. / Cookson, R. / Craggs, P.D. / Dalton, T. / Fournier, J.C.L. / Gordon, L.J. / Gray, H.F. / Gray, M.W. / Gregory, R. ...

履歴

登録	2022年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b5i.cif.gz	65 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b5i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b5i_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b5i_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8b5i_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	8b5i_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b5gC 8b5hC 8b5jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.793, 52.400, 31.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-787- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-P0U / (1~{R})-7,8-dimethoxy-1,3-dimethyl-1~{H}-3-benzazepin-2-one 分子量: 247.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 199 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→31.992 Å / Num. obs: 15915 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 35.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique obs: 1969 / CC_1/2: 0.801 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in hosue

解像度: 1.604→31.992 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.651 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	761	4.81 %
R_work	0.1465	15059	-
all	0.148	-	-
obs	-	15820	96.205 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.112 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.187 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.075 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.604→31.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	923	0	58	222	1203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.216	1.658	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.323	1.616	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.667	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.201	21.754	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.615	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.021	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.085	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.726	1.493	464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.717	1.486	463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.262	3.341	584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.263	3.352	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.274	1.879	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.273	1.88	574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.141	3.955	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.14	3.957	801
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.244	16.395	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.243	16.403	1277

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.604-1.645	0.24	43	0.191	841	X-RAY DIFFRACTION	75.0424
1.645-1.69	0.241	55	0.174	1026	X-RAY DIFFRACTION	91.3779
1.69-1.739	0.216	47	0.161	1047	X-RAY DIFFRACTION	98.5586
1.739-1.793	0.185	65	0.156	1036	X-RAY DIFFRACTION	99.2786
1.793-1.851	0.144	40	0.139	1009	X-RAY DIFFRACTION	99.3371
1.851-1.916	0.15	42	0.143	992	X-RAY DIFFRACTION	99.3276
1.916-1.988	0.174	42	0.139	948	X-RAY DIFFRACTION	99.4975
1.988-2.069	0.151	41	0.135	917	X-RAY DIFFRACTION	99.5842
2.069-2.161	0.165	36	0.129	878	X-RAY DIFFRACTION	99.1323
2.161-2.266	0.19	44	0.131	840	X-RAY DIFFRACTION	98.9922
2.266-2.388	0.17	30	0.132	798	X-RAY DIFFRACTION	98.4542
2.388-2.533	0.174	44	0.139	769	X-RAY DIFFRACTION	99.2674
2.533-2.707	0.145	45	0.135	692	X-RAY DIFFRACTION	97.8752
2.707-2.923	0.182	34	0.14	680	X-RAY DIFFRACTION	98.892
2.923-3.2	0.215	32	0.153	611	X-RAY DIFFRACTION	98.318
3.2-3.575	0.189	37	0.142	549	X-RAY DIFFRACTION	97.5042
3.575-4.124	0.148	32	0.14	484	X-RAY DIFFRACTION	96.8105
4.124-5.038	0.191	20	0.147	418	X-RAY DIFFRACTION	95.0108
5.038-7.075	0.185	23	0.188	332	X-RAY DIFFRACTION	95.1743
7.075-31.992	0.221	9	0.213	192	X-RAY DIFFRACTION	84.4538

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.765 Å / Origin y: 9.9562 Å / Origin z: 0.5968 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0018 Å²	-0 Å²	0.0024 Å²	-	0.0014 Å²	-0.0013 Å²	-	-	0.021 Å²
L	0.9043 °²	0.051 °²	0.1837 °²	-	0.2872 °²	0.0346 °²	-	-	0.06 °²
S	0.0316 Å °	0.022 Å °	0.0142 Å °	0.0143 Å °	-0.0137 Å °	0.0028 Å °	0.0057 Å °	0.0047 Å °	-0.0179 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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