PDB-8b5h: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (R)-7-((R)-1,2-dihydrox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b5h

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (R)-7-((R)-1,2-dihydroxyethyl)-1,3-dimethyl-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR COMPLEX BROMODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Chung, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification and Optimization of a Ligand-Efficient Benzoazepinone Bromodomain and Extra Terminal (BET) Family Acetyl-Lysine Mimetic into the Oral Candidate Quality Molecule I-BET432.
著者: Humphreys, P.G. / Anderson, N.A. / Bamborough, P. / Baxter, A. / Chung, C.W. / Cookson, R. / Craggs, P.D. / Dalton, T. / Fournier, J.C.L. / Gordon, L.J. / Gray, H.F. / Gray, M.W. / Gregory, R. ...

履歴

登録	2022年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b5h.cif.gz	48.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b5h.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b5gC 8b5iC 8b5jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.829, 52.503, 32.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-608- HOH
2	1	AAA-734- HOH
3	1	AAA-794- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₇
#4: 化合物	ChemComp-P4X / (1~{R})-7-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-1,3-dimethyl-5-(1-methylpyrazol-4-yl)-1~{H}-3-benzazepin-2-one 分子量: 327.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→32.06 Å / Num. obs: 15964 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0204 / Net I/σ(I): 42.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 14 / Num. unique obs: 1869 / CC_1/2: 0.978 / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house

解像度: 1.603→32.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.401 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1793	768	4.826 %
R_work	0.1574	15147	-
all	0.159	-	-
obs	-	15915	96.338 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.213 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→32.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	923	0	53	229	1205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.655	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.252	1.62	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.528	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.663	21.207	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.816	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.719	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.08	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.066	2.182	472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.063	2.174	471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.808	4.88	597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.808	4.894	598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.622	2.565	577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.621	2.566	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.737	5.488	812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.736	5.49	813
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.391	21.889	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.389	21.879	1299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.603-1.644	0.202	33	0.168	814	X-RAY DIFFRACTION	71.9015
1.644-1.689	0.225	58	0.173	957	X-RAY DIFFRACTION	85.9441
1.689-1.738	0.178	52	0.156	1042	X-RAY DIFFRACTION	97.7659
1.738-1.792	0.216	52	0.159	1054	X-RAY DIFFRACTION	99.1039
1.792-1.85	0.172	50	0.147	1011	X-RAY DIFFRACTION	99.9058
1.85-1.915	0.187	46	0.151	978	X-RAY DIFFRACTION	99.8051
1.915-1.987	0.171	45	0.147	971	X-RAY DIFFRACTION	99.7056
1.987-2.068	0.163	38	0.154	929	X-RAY DIFFRACTION	99.7936
2.068-2.16	0.211	42	0.145	888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.265	0.156	48	0.142	847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.265-2.387	0.164	40	0.139	810	X-RAY DIFFRACTION	99.7653
2.387-2.531	0.188	43	0.148	757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.531-2.705	0.161	47	0.147	718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.705-2.921	0.197	41	0.156	686	X-RAY DIFFRACTION	99.1814
2.921-3.199	0.15	31	0.16	618	X-RAY DIFFRACTION	99.084
3.199-3.574	0.203	29	0.155	576	X-RAY DIFFRACTION	99.6705
3.574-4.122	0.143	25	0.163	505	X-RAY DIFFRACTION	98.513
4.122-5.036	0.184	25	0.161	426	X-RAY DIFFRACTION	97.619
5.036-7.072	0.167	14	0.216	354	X-RAY DIFFRACTION	98.6595
7.072-32	0.227	9	0.233	206	X-RAY DIFFRACTION	89.5833

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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