PDB-8b5g: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-3-methyl-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b5g

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-3-methyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR COMPLEX BROMODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.619 Å

データ登録者

Chung, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification and Optimization of a Ligand-Efficient Benzoazepinone Bromodomain and Extra Terminal (BET) Family Acetyl-Lysine Mimetic into the Oral Candidate Quality Molecule I-BET432.
著者: Humphreys, P.G. / Anderson, N.A. / Bamborough, P. / Baxter, A. / Chung, C.W. / Cookson, R. / Craggs, P.D. / Dalton, T. / Fournier, J.C.L. / Gordon, L.J. / Gray, H.F. / Gray, M.W. / Gregory, R. ...

履歴

登録	2022年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b5g.cif.gz	65 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b5g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/8b5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b5hC 8b5iC 8b5jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.906, 52.421, 32.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-805- HOH
2	1	AAA-857- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-P4M / 7,8-dimethoxy-3-methyl-1~{H}-3-benzazepin-2-one / 7,8-dimethoxy-3-methyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one 分子量: 233.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.619→71.39 Å / Num. obs: 15360 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.013 / Net I/σ(I): 52.1
反射シェル	解像度: 1.619→1.71 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.031 / Mean I/σ(I) obs: 22.2 / Num. unique obs: 1928 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In house

解像度: 1.619→21.808 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.552 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1827	758	4.971 %
R_work	0.1483	14490	-
all	0.15	-	-
obs	-	15248	94.938 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.094 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.051 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.619→21.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	915	0	37	260	1212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.23	1.654	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	1.618	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.939	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.061	21.754	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.322	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.736	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.13	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	1.255	468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.668	1.248	467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.211	2.807	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.213	2.818	593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.985	1.491	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.985	1.484	554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.663	3.231	790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.662	3.236	791
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.005	14.625	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.003	14.639	1323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.619-1.661	0.187	50	0.164	843	X-RAY DIFFRACTION	76.1945
1.661-1.706	0.234	47	0.159	976	X-RAY DIFFRACTION	92.4119
1.706-1.756	0.184	38	0.145	1039	X-RAY DIFFRACTION	97.027
1.756-1.809	0.176	64	0.148	967	X-RAY DIFFRACTION	97.9107
1.809-1.868	0.224	39	0.151	994	X-RAY DIFFRACTION	98.9464
1.868-1.933	0.206	57	0.149	944	X-RAY DIFFRACTION	98.913
1.933-2.006	0.151	44	0.14	928	X-RAY DIFFRACTION	98.9817
2.006-2.087	0.176	49	0.135	854	X-RAY DIFFRACTION	99.0132
2.087-2.179	0.145	50	0.138	869	X-RAY DIFFRACTION	98.8172
2.179-2.285	0.166	48	0.131	802	X-RAY DIFFRACTION	98.1524
2.285-2.407	0.146	37	0.13	769	X-RAY DIFFRACTION	97.9344
2.407-2.552	0.167	35	0.148	729	X-RAY DIFFRACTION	97.9487
2.552-2.726	0.204	33	0.147	683	X-RAY DIFFRACTION	97.1506
2.726-2.941	0.221	40	0.159	636	X-RAY DIFFRACTION	96.0227
2.941-3.217	0.183	40	0.152	582	X-RAY DIFFRACTION	96.5838
3.217-3.59	0.195	23	0.148	537	X-RAY DIFFRACTION	94.7547
3.59-4.13	0.162	18	0.141	459	X-RAY DIFFRACTION	91.7308
4.13-5.023	0.194	22	0.154	397	X-RAY DIFFRACTION	92.0879
5.023-6.961	0.182	15	0.193	309	X-RAY DIFFRACTION	87.0968
6.961-21.626	0.233	9	0.195	173	X-RAY DIFFRACTION	76.1506

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.9867 Å / Origin y: 10.2494 Å / Origin z: 0.8053 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.003 Å²	0.0003 Å²	0.0025 Å²	-	0.001 Å²	-0.0008 Å²	-	-	0.0034 Å²
L	0.9741 °²	0.1047 °²	0.211 °²	-	0.1724 °²	0.062 °²	-	-	0.1009 °²
S	0.0151 Å °	0.0032 Å °	0.0115 Å °	-0.0034 Å °	-0.0084 Å °	0.0002 Å °	-0.0089 Å °	-0.0017 Å °	-0.0067 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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