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万見
- PDB-8b55: Human ADGRG4 PTX-like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b55
タイトルHuman ADGRG4 PTX-like domain
要素Adhesion G-protein coupled receptor G4
キーワードSIGNALING PROTEIN / adhesion GPCR / extracellular region / N-terminus
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G-protein coupled receptor G4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Kieslich, B. / Straeter, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)246212759 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The dimerized pentraxin-like domain of the adhesion G protein-coupled receptor 112 (ADGRG4) suggests function in sensing mechanical forces.
著者: Kieslich, B. / Weisse, R.H. / Brendler, J. / Ricken, A. / Schoneberg, T. / Strater, N.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年2月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / cell / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conn / symmetry
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.volume / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Occupancy of atoms on special symmetry positions / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesion G-protein coupled receptor G4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4692
ポリマ－27,4451
非ポリマー241
水1,928107
1
A: Adhesion G-protein coupled receptor G4
ヘテロ分子

A: Adhesion G-protein coupled receptor G4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9394
ポリマ－54,8902
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)113.117, 40.243, 54.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-497-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adhesion G-protein coupled receptor G4 / G-protein coupled receptor 112


分子量: 27445.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRG4, GPR112 / プラスミド: pVitro2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IZF6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 30 % PEG 4000, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.356→51.71 Å / Num. obs: 43935 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.36→1.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 282 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.23 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.36→51.71 Å / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 4368 9.95 %
Rwork0.1537 39545 -
obs0.1571 43913 89.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 1 107 1700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00971659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04642253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0894247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3535213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.370.4681220.3342200X-RAY DIFFRACTION13.66
1.37-1.390.2816600.2426586X-RAY DIFFRACTION39.41
1.39-1.40.27721150.2109964X-RAY DIFFRACTION67.14
1.4-1.420.2241260.20261083X-RAY DIFFRACTION74.31
1.42-1.440.27291330.21061190X-RAY DIFFRACTION81.57
1.44-1.460.2381620.19551372X-RAY DIFFRACTION93.82
1.46-1.480.23971480.19021389X-RAY DIFFRACTION94.64
1.48-1.50.23331700.18461401X-RAY DIFFRACTION94.81
1.5-1.530.21431440.17461388X-RAY DIFFRACTION94.98
1.53-1.550.24021620.17981370X-RAY DIFFRACTION95.16
1.55-1.580.21871530.16511413X-RAY DIFFRACTION95.26
1.58-1.610.1951290.15681413X-RAY DIFFRACTION95.54
1.61-1.640.21351660.14591382X-RAY DIFFRACTION95.09
1.64-1.670.18181540.14351406X-RAY DIFFRACTION95.24
1.67-1.710.20231420.14161404X-RAY DIFFRACTION94.61
1.71-1.750.18681730.14281402X-RAY DIFFRACTION96.15
1.75-1.790.19061600.14041392X-RAY DIFFRACTION96.34
1.79-1.840.16531490.14541454X-RAY DIFFRACTION96.39
1.84-1.890.19061540.14741415X-RAY DIFFRACTION96.61
1.89-1.960.19631510.15191436X-RAY DIFFRACTION96.53
1.96-2.030.16541490.14421439X-RAY DIFFRACTION96.89
2.03-2.110.18881620.13961426X-RAY DIFFRACTION96.83
2.11-2.20.18921560.14191445X-RAY DIFFRACTION97.38
2.2-2.320.18411720.13681411X-RAY DIFFRACTION96.88
2.32-2.460.17541450.14641448X-RAY DIFFRACTION96.96
2.46-2.650.16471600.15951463X-RAY DIFFRACTION97.83
2.65-2.920.17721650.15221458X-RAY DIFFRACTION98.13
2.92-3.340.19611620.15391467X-RAY DIFFRACTION98.01
3.34-4.210.16631590.14081458X-RAY DIFFRACTION97.35
4.21-51.710.2081650.17211470X-RAY DIFFRACTION94.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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