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万見
- PDB-8b4u: The crystal structure of PET46, a PETase enzyme from Candidatus b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4u
タイトルThe crystal structure of PET46, a PETase enzyme from Candidatus bathyarchaeota
要素Alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / PETase / PET / enzyme / esterase / plastic / degradation / biotech / enzyme evolution
機能・相同性Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / proteolysis / PHOSPHATE ION / Alpha/beta hydrolase
機能・相同性情報
生物種Candidatus Bathyarchaeota archaeon (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Costanzi, E. / Applegate, V. / Schumacher, J. / Smits, S.H.J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)417919780 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research31B0837A ドイツ
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: An archaeal lid-containing feruloyl esterase degrades polyethylene terephthalate.
著者: Perez-Garcia, P. / Chow, J. / Costanzi, E. / Gurschke, M. / Dittrich, J. / Dierkes, R.F. / Molitor, R. / Applegate, V. / Feuerriegel, G. / Tete, P. / Danso, D. / Thies, S. / Schumacher, J. / ...著者: Perez-Garcia, P. / Chow, J. / Costanzi, E. / Gurschke, M. / Dittrich, J. / Dierkes, R.F. / Molitor, R. / Applegate, V. / Feuerriegel, G. / Tete, P. / Danso, D. / Thies, S. / Schumacher, J. / Pfleger, C. / Jaeger, K.E. / Gohlke, H. / Smits, S.H.J. / Schmitz, R.A. / Streit, W.R.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,86526
ポリマ－31,2091
非ポリマー1,65725
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.292, 79.292, 171.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase


分子量: 31208.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Bathyarchaeota archaeon (古細菌)
遺伝子: DRO64_06360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A497NK85
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 325 mM (NH4)H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→68.67 Å / Num. obs: 34960 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / Num. unique obs: 1831 / CC1/2: 0.559

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 1.71→36.38 Å / SU ML: 0.1874 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1727 1725 4.94 %
Rwork0.1523 33228 -
obs0.1534 34953 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2119 0 101 194 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01062308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01313087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3472860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.760.32761430.28632752X-RAY DIFFRACTION99.86
1.76-1.820.23141330.22822723X-RAY DIFFRACTION99.76
1.82-1.880.26361380.1942744X-RAY DIFFRACTION99.69
1.88-1.960.20521390.17362721X-RAY DIFFRACTION99.83
1.96-2.050.20131410.17932744X-RAY DIFFRACTION99.59
2.05-2.150.19581320.14772752X-RAY DIFFRACTION99.48
2.15-2.290.15371350.13882765X-RAY DIFFRACTION99.35
2.29-2.470.13811390.1312772X-RAY DIFFRACTION99.25
2.47-2.710.16441540.14072751X-RAY DIFFRACTION98.78
2.71-3.110.16611700.13432747X-RAY DIFFRACTION98.61
3.11-3.910.14651640.13182800X-RAY DIFFRACTION97.95
3.91-36.380.18171370.16482957X-RAY DIFFRACTION95.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61612433356-1.44174815019-0.04377285234622.031306185040.1636888897394.414000751240.09753439000310.06807440547030.0818393690636-0.0665827667657-0.04985366611160.092707771462-0.0425736019154-0.332214502947-0.03237780277850.1928898686530.0105353808657-0.005392852526740.2243687593730.02459626748330.196137388798-16.525543769172.59849279085.89657214686
21.309150480810.166749523617-0.293542290772.20796937683-0.01456815869122.446479993390.01439339880510.0143967504759-0.03988092920620.04962431841070.03459110356410.1689092315140.0833539381845-0.131855496422-0.05995995049680.2285626739680.00381337472878-0.01589974463220.1837392213830.007698252079010.192396626277-10.866668245968.82803588810.7573070552
34.968500223031.387885760510.6976528653562.11499828870.5567081821061.91908986410.0390671882125-0.3577731586430.04306433842060.297310951274-0.05116740178710.2258581530250.0251417197479-0.2078427150130.01306072521660.3024691792880.02730292203970.02903262969060.1908540371420.03047528583430.235959042965-12.428598887871.025849496620.8667465591
42.740915715763.7779504947-1.885270459587.95021961322-4.551827907853.6439141512-0.0129457565636-0.0867518299402-0.1118081449050.0160878836829-0.31348967356-0.610967453708-0.1423210339590.4853164110040.3705870595040.267899036307-0.0109164782907-0.02450832702370.2525227701640.001912866312530.2476505109798.5089437935281.9386101812.6615208394
50.4119465797180.679994185157-0.377217664391.82616150987-1.424970646482.342392065050.0362263641812-0.002658834809160.08322121665580.2213481982650.0247082437429-0.00380975713553-0.258821358910.137707144381-0.09486509083650.2720774692470.0116145818898-0.02824484215280.220207660185-0.01506950526310.2738446360692.6178914807580.520800065414.9893407914
63.002316621-0.128326852688-1.955799287951.909219442120.3515511107186.82095042931-0.0307361193838-0.0820533888389-0.0948282861030.3278528303840.0885336917635-0.1995359645080.1702110241330.383068546987-0.02804611406550.2622909882850.061116427615-0.07011611674220.2117496776580.00525248900850.2679175831666.6478605170464.704444980522.6877256716
73.22559916213-0.644616798155-0.6602455250882.63768426160.639651888384.79983978482-0.0928753129045-0.0682514622932-0.5531338079910.4748800969770.02039659642120.4015229553940.848004692792-0.4745729303360.2084366107920.498921341611-0.02978083371640.0070221537590.2543846568490.03082439939480.384356665786-6.7468673989254.340714702920.7097458713
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 19 )1 - 191 - 19
22chain 'A' and (resid 20 through 100 )20 - 10020 - 100
33chain 'A' and (resid 101 through 132 )101 - 132101 - 132
44chain 'A' and (resid 133 through 161 )133 - 161133 - 161
55chain 'A' and (resid 162 through 203 )162 - 203162 - 203
66chain 'A' and (resid 204 through 242 )204 - 242204 - 242
77chain 'A' and (resid 243 through 269 )243 - 269243 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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