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万見
- PDB-8b4s: Antimicrobial peptide capitellacin from polychaeta Capitella tele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4s
タイトルAntimicrobial peptide capitellacin from polychaeta Capitella teleta in DPC (dodecylphosphocholine) micelles, dimeric form
要素BRICHOS domain-containing protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / PROTEIN (タンパク質) / ANTIMICROBIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド) / BETA-HAIRPIN (Βヘアピン) / DIMER
機能・相同性BRICHOS domain / BRICHOS domain profile. / 生体膜 / BRICHOS domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Capitella teleta (無脊椎動物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mironov, P.A. / Reznikova, O.V. / Paramonov, A.S. / Shenkarev, Z.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education and Science of the Russian Federation075-15-2021-1049 ロシア
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: Dimerization of the beta-Hairpin Membrane-Active Cationic Antimicrobial Peptide Capitellacin from Marine Polychaeta: An NMR Structural and Thermodynamic Study.
著者: Mironov, P.A. / Paramonov, A.S. / Reznikova, O.V. / Safronova, V.N. / Panteleev, P.V. / Bolosov, I.A. / Ovchinnikova, T.V. / Shenkarev, Z.O.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRICHOS domain-containing protein
B: BRICHOS domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7782
ポリマ－4,7782
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3740 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BRICHOS domain-containing protein


分子量: 2388.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capitella teleta (無脊椎動物) / 遺伝子: CAPTEDRAFT_185237 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R7TSD6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D NOESY
121anisotropic12D 1H-1H TOCSY
131anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141anisotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151anisotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle12 mg/mL capitellacin, 168 mM DPC, 5 % v/v [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2Onatural_peptide95% H2O/5% D2O
micelle250 uM [U-100% 15N] capitellacin, 6.5 mM DPC, 5 % v/v [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O15N_peptide95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mg/mLcapitellacinnatural abundance1
168 mMDPCnatural abundance1
5 % v/vD2O[U-99% 2H]1
50 uMcapitellacin[U-100% 15N]2
6.5 mMDPCnatural abundance2
5 % v/vD2O[U-99% 2H]2
試料状態詳細: The ratio of peptide:DPC is 1:100 / イオン強度: 0.001 M / Label: 1 / pH: 5.4 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpin3Bruker Biospincollection
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
simulated annealing1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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