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- PDB-8b4n: X-ray structure of phycoerythrin from Porphyridium cruentum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4n
タイトルX-ray structure of phycoerythrin from Porphyridium cruentum
要素
  • B-phycoerythrin alpha chain
  • B-phycoerythrin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Microalgae / chromophore / red algae / Porphyridium cruentum
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOERYTHROBILIN / B-phycoerythrin alpha chain / B-phycoerythrin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Merlino, A. / Ferraro, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2023
タイトル: Inside out Porphyridium cruentum : Beyond the Conventional Biorefinery Concept.
著者: Liberti, D. / Imbimbo, P. / Giustino, E. / D'Elia, L. / Ferraro, G. / Casillo, A. / Illiano, A. / Pinto, G. / Di Meo, M.C. / Alvarez-Rivera, G. / Corsaro, M.M. / Amoresano, A. / Zarrelli, A. ...著者: Liberti, D. / Imbimbo, P. / Giustino, E. / D'Elia, L. / Ferraro, G. / Casillo, A. / Illiano, A. / Pinto, G. / Di Meo, M.C. / Alvarez-Rivera, G. / Corsaro, M.M. / Amoresano, A. / Zarrelli, A. / Ibanez, E. / Merlino, A. / Monti, D.M.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年7月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / exptl_crystal / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_nat.common_name / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_ref_seq_dif.align_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: B-phycoerythrin alpha chain
BBB: B-phycoerythrin beta chain
CCC: B-phycoerythrin alpha chain
DDD: B-phycoerythrin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,89516
ポリマ－72,8164
非ポリマー6,07912
水5,837324
1
AAA: B-phycoerythrin alpha chain
BBB: B-phycoerythrin beta chain
CCC: B-phycoerythrin alpha chain
DDD: B-phycoerythrin beta chain
ヘテロ分子

AAA: B-phycoerythrin alpha chain
BBB: B-phycoerythrin beta chain
CCC: B-phycoerythrin alpha chain
DDD: B-phycoerythrin beta chain
ヘテロ分子

AAA: B-phycoerythrin alpha chain
BBB: B-phycoerythrin beta chain
CCC: B-phycoerythrin alpha chain
DDD: B-phycoerythrin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,68648
ポリマ－218,44912
非ポリマー18,23736
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area96660 Å2
ΔGint-871 kcal/mol
Surface area66050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.590, 186.590, 59.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 B-phycoerythrin alpha chain


分子量: 17824.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: P11392
#2: タンパク質 B-phycoerythrin beta chain


分子量: 18584.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: P11393
#3: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PE crystals were grown by hanging drop vapor diffusion method (Russo Krauss et al., 2013) using a drop containing 10 mg/mL PE in 0.250 M ammonium sulphate, 25.0 mM potassium phosphate at pH 5. ...詳細: PE crystals were grown by hanging drop vapor diffusion method (Russo Krauss et al., 2013) using a drop containing 10 mg/mL PE in 0.250 M ammonium sulphate, 25.0 mM potassium phosphate at pH 5.0, equilibrated with a reservoir containing 0.500 M ammonium sulphate, 50.0 mM potassium phosphate at pH 5.0.
PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→46.648 Å / Num. obs: 100909 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.597→1.625 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 44973 / CC1/2: 0.595 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.999 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V58

3v58


解像度: 1.6→46.648 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.264 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 4971 4.951 %
Rwork0.2217 95441 -
all0.223 --
obs-100412 98.994 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.061 Å2-0.031 Å2-0 Å2
2---0.061 Å20 Å2
3---0.199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5070 0 458 324 5852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.6547891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4771.58512394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.98319.036332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.45715865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8931543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2840.21444
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2090.25215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.22796
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22501
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1640.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1610.217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2380.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8622.3822777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8612.3812776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4393.5723476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4393.5733477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3872.6323001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3772.6292996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3733.8644409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3683.864404
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.1829.5196667
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.14329.386615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.313640.2676986X-RAY DIFFRACTION97.9347
1.642-1.6870.3013560.2616852X-RAY DIFFRACTION98.1883
1.687-1.7350.2993480.2556614X-RAY DIFFRACTION98.3333
1.735-1.7890.3033350.2396471X-RAY DIFFRACTION98.4237
1.789-1.8470.2753170.2266280X-RAY DIFFRACTION98.4774
1.847-1.9120.283370.236040X-RAY DIFFRACTION98.7763
1.912-1.9840.2723350.2245867X-RAY DIFFRACTION99.0102
1.984-2.0650.2623180.2185641X-RAY DIFFRACTION99.1349
2.065-2.1570.2722580.2175442X-RAY DIFFRACTION99.2513
2.157-2.2620.2542700.2245196X-RAY DIFFRACTION99.2735
2.262-2.3850.2582720.2114960X-RAY DIFFRACTION99.1285
2.385-2.5290.2642530.2164648X-RAY DIFFRACTION99.6341
2.529-2.7040.2512300.2134397X-RAY DIFFRACTION99.4199
2.704-2.920.2581990.2254136X-RAY DIFFRACTION99.7699
2.92-3.1990.2411720.2163829X-RAY DIFFRACTION99.7258
3.199-3.5760.2521850.2283403X-RAY DIFFRACTION99.8608
3.576-4.1280.2211550.2163006X-RAY DIFFRACTION99.9368
4.128-5.0530.2511320.2122564X-RAY DIFFRACTION99.9629
5.053-7.1350.271850.2351992X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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