PDB-8b4m: Crystal structure of a hydropyrene synthase (M75L variant) in its...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b4m

タイトル

Crystal structure of a hydropyrene synthase (M75L variant) in its closed conformation

要素

Terpene synthase

キーワード

LYASE / Diterpene Synthase / Pseudopterosins / GGDP / Hydropyrene Synthase

機能・相同性

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / lyase activity / metal ion binding / ALENDRONATE / Terpene synthase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces clavuligerus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.04 Å

データ登録者

Helmer, C.P.O. / Driller, R. / Loll, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of s hydropyrene synthase in its closed conformation
著者: Helmer, C.P.O. / Driller, R. / Loll, B.

履歴

登録	2022年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b4m.cif.gz	360.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b4m.ent.gz	296.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b4m_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b4m_full_validation.pdf.gz	516.9 KB	表示
XML形式データ	8b4m_validation.xml.gz	62.3 KB	表示
CIF形式データ	8b4m_validation.cif.gz	83.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b4lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

C: Terpene synthase

D: Terpene synthase

E: Terpene synthase

F: Terpene synthase

ヘテロ分子

217 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Terpene synthase

ヘテロ分子

C: Terpene synthase

ソフトウェアが定義した集合体
72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Terpene synthase

ヘテロ分子

F: Terpene synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.722, 82.316, 148.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 37 or resid 43...
2	1	(chain B and (resid 2 through 37 or resid 43...
3	1	(chain C and (resid 2 through 37 or resid 43...
4	1	(chain D and (resid 2 through 37 or resid 43 through 153 or resid 155 through 307))
5	1	(chain E and (resid 2 through 37 or resid 43...
6	1	(chain F and (resid 2 through 37 or resid 43...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	MET	MET	(chain A and (resid 2 through 37 or resid 43...	A	A	2 - 37	3 - 38
1	2	ALA	ALA	ASP	ASP	(chain A and (resid 2 through 37 or resid 43...	A	A	43 - 87	44 - 88
1	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain A and (resid 2 through 37 or resid 43...	A	A	95 - 153	96 - 154
1	4	GLU	GLU	TRP	TRP	(chain A and (resid 2 through 37 or resid 43...	A	A	155 - 307	156 - 308
2	1	THR	THR	MET	MET	(chain B and (resid 2 through 37 or resid 43...	B	B	2 - 37	3 - 38
2	2	ALA	ALA	ASP	ASP	(chain B and (resid 2 through 37 or resid 43...	B	B	43 - 87	44 - 88
2	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain B and (resid 2 through 37 or resid 43...	B	B	95 - 153	96 - 154
2	4	GLU	GLU	TRP	TRP	(chain B and (resid 2 through 37 or resid 43...	B	B	155 - 307	156 - 308
3	1	THR	THR	MET	MET	(chain C and (resid 2 through 37 or resid 43...	C	C	2 - 37	3 - 38
3	2	ALA	ALA	ASP	ASP	(chain C and (resid 2 through 37 or resid 43...	C	C	43 - 87	44 - 88
3	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain C and (resid 2 through 37 or resid 43...	C	C	95 - 153	96 - 154
3	4	GLU	GLU	TRP	TRP	(chain C and (resid 2 through 37 or resid 43...	C	C	155 - 307	156 - 308
4	1	THR	THR	MET	MET	(chain D and (resid 2 through 37 or resid 43 through 153 or resid 155 through 307))	D	D	2 - 37	3 - 38
4	2	ALA	ALA	TYR	TYR	(chain D and (resid 2 through 37 or resid 43 through 153 or resid 155 through 307))	D	D	43 - 153	44 - 154
4	3	GLU	GLU	TRP	TRP	(chain D and (resid 2 through 37 or resid 43 through 153 or resid 155 through 307))	D	D	155 - 307	156 - 308
5	1	THR	THR	MET	MET	(chain E and (resid 2 through 37 or resid 43...	E	E	2 - 37	3 - 38
5	2	ALA	ALA	ASP	ASP	(chain E and (resid 2 through 37 or resid 43...	E	E	43 - 87	44 - 88
5	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain E and (resid 2 through 37 or resid 43...	E	E	95 - 153	96 - 154
5	4	GLU	GLU	TRP	TRP	(chain E and (resid 2 through 37 or resid 43...	E	E	155 - 307	156 - 308
6	1	THR	THR	MET	MET	(chain F and (resid 2 through 37 or resid 43...	F	F	2 - 37	3 - 38
6	2	ALA	ALA	ASP	ASP	(chain F and (resid 2 through 37 or resid 43...	F	F	43 - 87	44 - 88
6	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain F and (resid 2 through 37 or resid 43...	F	F	95 - 153	96 - 154
6	4	GLU	GLU	TRP	TRP	(chain F and (resid 2 through 37 or resid 43...	F	F	155 - 307	156 - 308

#1: タンパク質	Terpene synthase 分子量: 35972.324 Da / 分子数: 6 / 変異: M75L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) 遺伝子: SCLAV_p0765 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D5SK09, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-212 / ALENDRONATE / (4-AMINO-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-BUTYL)PHOSPHONIC ACID / アレンドロナ-ト分子量: 249.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₃NO₇P₂ / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Naformiat and 19% (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04→50 Å / Num. obs: 48303 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 3.04→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 7398 / CC_1/2: 0.439 / R_rim(I) all: 1.524

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: XXXX

解像度: 3.04→49.538 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3074	2097	4.35 %
R_work	0.2521	46137	-
obs	0.2545	48234	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.63 Å² / B_iso mean: 58.5177 Å² / B_iso min: 15.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.04→49.538 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14554	0	68	0	14622
B_iso mean	-	-	78.51	-	-
残基数	-	-	-	-	1841

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5370	X-RAY DIFFRACTION	10.502	TORSIONAL
1	2	B	5370	X-RAY DIFFRACTION	10.502	TORSIONAL
1	3	C	5370	X-RAY DIFFRACTION	10.502	TORSIONAL
1	4	D	5370	X-RAY DIFFRACTION	10.502	TORSIONAL
1	5	E	5370	X-RAY DIFFRACTION	10.502	TORSIONAL
1	6	F	5370	X-RAY DIFFRACTION	10.502	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.04-3.1104	0.4264	124	0.3554	2721	87
3.1104-3.1882	0.3575	139	0.3287	3061	97
3.1882-3.2744	0.3893	140	0.328	3070	97
3.2744-3.3707	0.3781	138	0.3062	3042	97
3.3707-3.4795	0.3715	138	0.3075	3030	97
3.4795-3.6038	0.3347	139	0.3034	3063	96
3.6038-3.748	0.3877	141	0.2929	3094	97
3.748-3.9186	0.3499	141	0.2744	3109	99
3.9186-4.1251	0.3102	140	0.2693	3078	97
4.1251-4.3834	0.3083	138	0.2311	3023	96
4.3834-4.7216	0.3123	144	0.2197	3177	100
4.7216-5.1962	0.2614	145	0.2153	3190	100
5.1962-5.9471	0.2894	144	0.2283	3171	99
5.9471-7.4885	0.2778	144	0.2303	3172	99
7.4885-49.53	0.2014	142	0.1919	3136	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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