PDB-8b4l: Crystal structure of a selenomethionine-labeled hydropyrene synth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b4l

タイトル

Crystal structure of a selenomethionine-labeled hydropyrene synthase (M75L variant) in its closed conformation

要素

Terpene synthase

キーワード

LYASE / Diterpene Synthase / Pseudopterosins / GGDP / Hydropyrene Synthase

機能・相同性

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / lyase activity / metal ion binding / 4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE / Terpene synthase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces clavuligerus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.394 Å

データ登録者

Helmer, C.P.O. / Driller, R. / Loll, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of s hydropyrene synthase in its closed conformation
著者: Helmer, C.P.O. / Driller, R. / Loll, B.

履歴

登録	2022年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b4l.cif.gz	369 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b4l.ent.gz	303.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b4l_validation.pdf.gz	504.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b4l_full_validation.pdf.gz	535.2 KB	表示
XML形式データ	8b4l_validation.xml.gz	65.2 KB	表示
CIF形式データ	8b4l_validation.cif.gz	86.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b4mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Terpene synthase

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

C: Terpene synthase

D: Terpene synthase

F: Terpene synthase

ヘテロ分子

221 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Terpene synthase

A: Terpene synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Terpene synthase

D: Terpene synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Terpene synthase

ヘテロ分子

F: Terpene synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.698, 176.688, 185.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 89 or resid 94...
2	1	(chain B and (resid 3 through 89 or resid 94...
3	1	(chain C and (resid 3 through 89 or resid 94...
4	1	(chain D and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))
5	1	(chain E and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))
6	1	(chain F and (resid 3 through 89 or resid 94...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	THR	THR	(chain A and (resid 3 through 89 or resid 94...	A	B	3 - 89	5 - 91
1	2	GLY	GLY	TYR	TYR	(chain A and (resid 3 through 89 or resid 94...	A	B	94 - 153	96 - 155
1	3	GLU	GLU	SER	SER	(chain A and (resid 3 through 89 or resid 94...	A	B	155 - 308	157 - 310
1	4	MG	MG	AHD	AHD	(chain A and (resid 3 through 89 or resid 94...	A	M - N	403 - 404
2	1	ILE	ILE	THR	THR	(chain B and (resid 3 through 89 or resid 94...	B	C	3 - 89	5 - 91
2	2	GLY	GLY	TYR	TYR	(chain B and (resid 3 through 89 or resid 94...	B	C	94 - 153	96 - 155
2	3	GLU	GLU	SER	SER	(chain B and (resid 3 through 89 or resid 94...	B	C	155 - 308	157 - 310
2	4	MG	MG	AHD	AHD	(chain B and (resid 3 through 89 or resid 94...	B	Q - R	403 - 404
3	1	ILE	ILE	THR	THR	(chain C and (resid 3 through 89 or resid 94...	C	D	3 - 89	5 - 91
3	2	GLY	GLY	TYR	TYR	(chain C and (resid 3 through 89 or resid 94...	C	D	94 - 153	96 - 155
3	3	GLU	GLU	SER	SER	(chain C and (resid 3 through 89 or resid 94...	C	D	155 - 308	157 - 310
3	4	MG	MG	AHD	AHD	(chain C and (resid 3 through 89 or resid 94...	C	U - V	403 - 404
4	1	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain D and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))	D	E	3 - 153	5 - 155
4	2	GLU	GLU	SER	SER	(chain D and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))	D	E	155 - 308	157 - 310
4	3	MG	MG	AHD	AHD	(chain D and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))	D	Y - Z	403 - 404
5	1	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain E and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))	E	A	3 - 153	5 - 155
5	2	GLU	GLU	SER	SER	(chain E and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))	E	A	155 - 308	157 - 310
5	3	MG	MG	AHD	AHD	(chain E and (resid 3 through 153 or resid 155 through 308 or resid 403 through 404))	E	I - J	403 - 404
6	1	ILE	ILE	THR	THR	(chain F and (resid 3 through 89 or resid 94...	F	F	3 - 89	5 - 91
6	2	GLY	GLY	TYR	TYR	(chain F and (resid 3 through 89 or resid 94...	F	F	94 - 153	96 - 155
6	3	GLU	GLU	SER	SER	(chain F and (resid 3 through 89 or resid 94...	F	F	155 - 308	157 - 310
6	4	MG	MG	AHD	AHD	(chain F and (resid 3 through 89 or resid 94...	F	AA - BA	401 - 402

#1: タンパク質	Terpene synthase 分子量: 36465.453 Da / 分子数: 6 / 変異: M75L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) 遺伝子: SCLAV_p0765 / プラスミド: pTRX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D5SK09, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-AHD / 4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE / ALENDRONATE / FOSAMAX (TM) 分子量: 245.064 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₇P₂ / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 21% PEG 10000 (w/v) and 1% (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 70442 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 15.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.321 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 3.39→3.6 Å / Num. unique obs: 70442 / CC_1/2: 0.62 / R_rim(I) all: 2.849

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.394→49.107 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 34.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2751	2099	2.99 %
R_work	0.2375	68139	-
obs	0.2387	70238	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 277.41 Å² / B_iso mean: 107.158 Å² / B_iso min: 52.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.394→49.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14538	0	100	0	14638
B_iso mean	-	-	136	-	-
残基数	-	-	-	-	1843

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5292	X-RAY DIFFRACTION	2.757	TORSIONAL
1	2	B	5292	X-RAY DIFFRACTION	2.757	TORSIONAL
1	3	C	5292	X-RAY DIFFRACTION	2.757	TORSIONAL
1	4	D	5292	X-RAY DIFFRACTION	2.757	TORSIONAL
1	5	E	5292	X-RAY DIFFRACTION	2.757	TORSIONAL
1	6	F	5292	X-RAY DIFFRACTION	2.757	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.3941-3.473	0.4319	129	0.4048	4149	91
3.473-3.5599	0.4347	139	0.385	4591	100
3.5599-3.6561	0.4419	141	0.3318	4575	100
3.6561-3.7636	0.3863	139	0.3146	4538	100
3.7636-3.8851	0.3721	144	0.3013	4652	100
3.8851-4.0239	0.2992	139	0.2747	4539	100
4.0239-4.1849	0.3014	142	0.2494	4532	100
4.1849-4.3752	0.3105	137	0.2394	4537	100
4.3752-4.6057	0.2308	143	0.2102	4593	100
4.6057-4.8941	0.2415	145	0.2013	4601	100
4.8941-5.2715	0.2802	142	0.2248	4562	100
5.2715-5.8013	0.2703	145	0.213	4579	100
5.8013-6.639	0.2376	143	0.21	4580	100
6.639-8.3577	0.2175	136	0.1917	4576	100
8.3577-49.107	0.1962	135	0.2009	4535	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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