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- PDB-8b48: Structure of Lentithecium fluviatile carbohydrate esterase from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b48
タイトルStructure of Lentithecium fluviatile carbohydrate esterase from the CE15 family (LfCE15C)
要素Carbohydrate esterase family 15 protein
キーワードHYDROLASE / Lignocellulose degradation
機能・相同性Glucuronyl esterase, fungi / Alpha/Beta hydrolase fold / FORMIC ACID / Carbohydrate esterase family 15 protein
機能・相同性情報
生物種Lentithecium fluviatile (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Scholzen, K. / Mazurkewich, S. / Poulsen, J.C.N. / Larsbrink, J. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027698 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071611 デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and functional investigation of a fungal member of carbohydrate esterase family 15 with potential specificity for rare xylans.
著者: Mazurkewich, S. / Scholzen, K.C. / Brusch, R.H. / Poulsen, J.C.N. / Theibich, Y. / Huttner, S. / Olsson, L. / Larsbrink, J. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate esterase family 15 protein
B: Carbohydrate esterase family 15 protein
C: Carbohydrate esterase family 15 protein
D: Carbohydrate esterase family 15 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,63810
ポリマ－172,9024
非ポリマー3,7356
水5,459303
1
A: Carbohydrate esterase family 15 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0203
ポリマ－43,2261
非ポリマー7952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbohydrate esterase family 15 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1362
ポリマ－43,2261
非ポリマー9111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Carbohydrate esterase family 15 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2992
ポリマ－43,2261
非ポリマー1,0731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Carbohydrate esterase family 15 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1823
ポリマ－43,2261
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.740, 79.570, 86.010
Angle α, β, γ (deg.)113.322, 98.531, 94.440
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
32A
42C
53A
63D
74B
84C
95B
105D
116C
126D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEUAA20 - 3894 - 373
221SERSERLEULEUBB20 - 3894 - 373
332SERSERLEULEUAA20 - 3894 - 373
442SERSERLEULEUCC20 - 3894 - 373
553CYSCYSGLYGLYAA21 - 3885 - 372
663CYSCYSGLYGLYDD21 - 3885 - 372
774SERSERLEULEUBB20 - 3894 - 373
884SERSERLEULEUCC20 - 3894 - 373
995CYSCYSGLYGLYBB21 - 3885 - 372
10105CYSCYSGLYGLYDD21 - 3885 - 372
11116CYSCYSGLYGLYCC21 - 3885 - 372
12126CYSCYSGLYGLYDD21 - 3885 - 372

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carbohydrate esterase family 15 protein


分子量: 43225.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentithecium fluviatile (菌類) / 遺伝子: K458DRAFT_349146 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: A0A6G1IIU9

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 305分子

#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein stock: 13.7 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0 Reservoir: 0.2 M Ammonium formate pH 6.6, 20 %w/v PEG 3350 Drop: 3:1 protein to reservoir ratio

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.980779 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.254 Å / Num. obs: 47781 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3530 / CC1/2: 0.513 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PIC

3pic


解像度: 2.65→47.254 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 29.729 / SU ML: 0.509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.415 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2977 2294 4.801 %
Rwork0.2379 45487 -
all0.241 --
obs-47781 97.626 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 59.101 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.938 Å2-2.676 Å25.124 Å2
2---2.868 Å2-2.909 Å2
3----0.623 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11382 0 250 303 11935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01312005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.67416324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1831.60425502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.22551485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50922.208566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.73151844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg13.788152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0851564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.210583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.25701
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.25665
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0910.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2030.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.280.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4196.1555922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4186.1555923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8599.2247398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8589.2267399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5836.5656083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5836.5656079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0429.7028921
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0419.7028922
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.823117.41950523
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.821117.47650444
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.070.0512100
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.060.0512150
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0550.0512143
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0640.0512166
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0660.0512104
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0460.0512136
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.070150.0501
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.070150.0501
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.060310.0501
24CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.060310.0501
35AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.055430.0501
36DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.055430.0501
47BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.064250.0501
48CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.064250.0501
59BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.066010.0501
510DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.066010.0501
611CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.046140.0501
612DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.046140.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.7190.4841820.4553350X-RAY DIFFRACTION97.3271
2.719-2.7930.4591900.413256X-RAY DIFFRACTION98.1487
2.793-2.8740.3841400.43227X-RAY DIFFRACTION97.6791
2.874-2.9620.3831440.3663135X-RAY DIFFRACTION98.1737
2.962-3.0590.4231550.3323022X-RAY DIFFRACTION97.8442
3.059-3.1670.3761510.3032876X-RAY DIFFRACTION97.8978
3.167-3.2860.3691550.2862779X-RAY DIFFRACTION97.8652
3.286-3.420.3491340.2762710X-RAY DIFFRACTION97.6648
3.42-3.5720.3471350.262570X-RAY DIFFRACTION97.1275
3.572-3.7460.3461300.2522457X-RAY DIFFRACTION96.8914
3.746-3.9480.2461090.2192369X-RAY DIFFRACTION97.1765
3.948-4.1860.236990.192169X-RAY DIFFRACTION96.5928
4.186-4.4750.271090.1732072X-RAY DIFFRACTION97.0196
4.475-4.8320.2031040.1721931X-RAY DIFFRACTION97.7426
4.832-5.2910.211790.1521807X-RAY DIFFRACTION97.619
5.291-5.9120.205720.1681634X-RAY DIFFRACTION98.442
5.912-6.820.208640.161443X-RAY DIFFRACTION98.0481
6.82-8.3360.203770.1451211X-RAY DIFFRACTION98.6217
8.336-11.7220.167450.157956X-RAY DIFFRACTION98.8154
11.722-47.2540.448200.27513X-RAY DIFFRACTION94.8399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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