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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b43 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ferrioxamine transporter | ||||||
要素 | Ferrichrome-iron receptor | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Siderophore TonB-dependent transporter Pseudomonas aeruginosa Iron | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Josts, I. / Tidow, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Interactions of TonB-dependent transporter FoxA with siderophores and antibiotics that affect binding, uptake, and signal transduction. 著者: Chan, D.C.K. / Josts, I. / Koteva, K. / Wright, G.D. / Tidow, H. / Burrows, L.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b43.cif.gz | 292.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b43.ent.gz | 234.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b43.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b43_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b43_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8b43_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b43_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b43 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6i96S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90058.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: fhuA, CAZ10_13360, CCBH4851_00003, E4V10_32510, E5Z62_12280, E5Z63_14065, ECC04_000265, IPC111_29490, IPC112_00225, IPC113_05635, IPC114_00330, IPC115_06110, IPC116_18480, IPC117_19040, ...遺伝子: fhuA, CAZ10_13360, CCBH4851_00003, E4V10_32510, E5Z62_12280, E5Z63_14065, ECC04_000265, IPC111_29490, IPC112_00225, IPC113_05635, IPC114_00330, IPC115_06110, IPC116_18480, IPC117_19040, IPC118_20600, IPC119_16420, IPC120_21950, IPC121_12885, IPC122_11180, IPC123_16730, IPC127_08885, IPC128_09865, IPC129_00020, IPC1308_04865, IPC1309_03980, IPC130_05340, IPC1316_31905, IPC1318_19180, IPC1319_31550, IPC1322_32775, IPC1323_26065, IPC1324_33040, IPC1325_29400, IPC1326_32065, IPC1327_32520, IPC1328_29370, IPC1330_28425, IPC1331_24705, IPC1334_10415, IPC1336_30070, IPC1337_10850, IPC1339_09990, IPC133_29845, IPC1340_09045, IPC1341_24180, IPC1345_29990, IPC1346_29735, IPC1348_00035, IPC1349_15780, IPC135_30075, IPC137_00035, IPC144_29610, IPC145_28630, IPC146_29610, IPC1474_04965, IPC1476_32515, IPC1477_33575, IPC1478_33300, IPC1479_32370, IPC147_29490, IPC1480_32130, IPC1481_32815, IPC1482_21280, IPC1485_09320, IPC1486_10855, IPC1487_33190, IPC1489_18290, IPC148_26420, IPC1491_08270, IPC1492_29835, IPC1495_19880, IPC1496_33380, IPC1499_32915, IPC149_29645, IPC1502_10500, IPC1505_28910, IPC1506_21665, IPC1507_22645, IPC1508_18730, IPC1509_33270, IPC150_29930, IPC1510_33310, IPC1511_32960, IPC1514_01540, IPC1515_22320, IPC1516_17155, IPC1519_22675, IPC151_29990, IPC1521_33400, IPC1522_24390, IPC1523_32260, IPC1583_30165, IPC1584_20440, IPC1585_29835, IPC1588_30170, IPC1591_33265, IPC1594_30075, IPC1598_25380, IPC1600_30275, IPC1601_29690, IPC1605_17140, IPC1606_30605, IPC161_15130, IPC162_30720, IPC163_19705, IPC164_31415, IPC165_30780, IPC166_01575, IPC167_30540, IPC168_09805, IPC169_30590, IPC170_31460, IPC171_30710, IPC172_27970, IPC173_29435, IPC174_29630, IPC175_29725, IPC176_29315, IPC177_02190, IPC179_31230, IPC180_31650, IPC181_32015, IPC182_29540, IPC183_29205, IPC184_29735, IPC30_22565, IPC31_25415, IPC32_21555, IPC56_24585, IPC574_27490, IPC575_26795, IPC576_25760, IPC577_27630, IPC578_25795, IPC579_25235, IPC580_09580, IPC582_23120, IPC584_11300, IPC586_25800, IPC589_11355, IPC603_33385, IPC604_32235, IPC605_33360, IPC606_33430, IPC608_27725, IPC609_32540, IPC610_23145, IPC611_33385, IPC612_21400, IPC613_33705, IPC614_33670, IPC615_33055, IPC616_32660, IPC618_22390, IPC61_22085, IPC620_33170, IPC624_33400, IPC70_09875, IPC72_30920, IPC73_32315, IPC74_32150, IPC75_28580, IPC77_23050, IPC78_29675 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C7CQY7 | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 糖 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 1.8 M ammonium sulfate 0.1 M MES pH 6.5 0.7% octyl glucoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.489→82.628 Å / Num. obs: 20915 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 18.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.489→2.81 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 1.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1045 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.506 / % possible all: 74.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6I96 解像度: 2.49→59.33 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.16 Å2 / Biso mean: 60.7225 Å2 / Biso min: 24.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→59.33 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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