+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b3z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | SigE N-terminal Domain | ||||||
Components | RNA polymerase sigma factor | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Sigma factor | ||||||
Function / homology | Function and homology information sporulation resulting in formation of a cellular spore / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Evans, N.J. / Isaacson, R.L. / Collins, K.M. / Camp, A.H. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Microorganisms / Year: 2023 Title: Structural Analysis of Bacillus subtilis Sigma Factors. Authors: Collins, K.M. / Evans, N.J. / Torpey, J.H. / Harris, J.M. / Haynes, B.A. / Camp, A.H. / Isaacson, R.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8b3z.cif.gz | 230.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8b3z.ent.gz | 157.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8b3z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3z | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3ugoS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 9401.021 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: Bateq7PJ16_1703, SC09_Contig19orf01048 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0D1L9M9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.55 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.5 M Potassium thiocyanate 0.1 M Tris pH 8.5 7 mg.mL-1 in a 1:1 ratio Temp details: Controlled Incubator |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.379→63.39 Å / Num. obs: 27360 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 46.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.379→2.5 Å / Redundancy: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1349 / CC1/2: 0.851 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3UGO Resolution: 2.38→63.39 Å / SU ML: 0.3459 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.4789 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→63.39 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|