+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b3t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Hen Egg White Lysozyme 4s in situ crystallization | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Henkel, A. / Galchenkova, M. / Yefanov, O. / Hakanpaeae, J. / Chapman, H.N. / Oberthuer, D. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: JINXED: just in time crystallization for easy structure determination of biological macromolecules. 著者: Henkel, A. / Galchenkova, M. / Maracke, J. / Yefanov, O. / Klopprogge, B. / Hakanpaa, J. / Mesters, J.R. / Chapman, H.N. / Oberthuer, D. #1: ![]() タイトル: JINXED: Just in time crystallization for easy structure determination of biological macromolecules 著者: Henkel, A. / Galchenkova, M. / Maracke, J. / Yefanov, O. / Hakanpaa, J. / Mesters, J.R. / Chapman, H.N. / Oberthur, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 425.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 80分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: microfluidic 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 2.7 M NaCl, 15 % PEG4000, 6 % ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→39.6 Å / Num. obs: 12126 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 408.01 % / Biso Wilson estimate: 20.88 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R split: 0.1022 / Net I/σ(I): 10.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 54.7 % / Num. unique obs: 601 / CC1/2: 0.275 / CC star: 0.656 / R split: 1.46 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: CFEL TapeDrive 2.0 / 手法: injection |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FTR 解像度: 1.78→39.6 Å / SU ML: 0.2406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.8712 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→39.6 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.74015624002 Å / Origin y: 99.8985912215 Å / Origin z: 9.10467614976 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |