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- PDB-8b3s: Structure of YjbA in complex with ClpC N-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b3s
タイトルStructure of YjbA in complex with ClpC N-terminal Domain
要素
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC / Negative regulator of tic competence clcC/mecB
  • UPF0736 protein B4122_0676,UPF0736 protein YjbA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding
類似検索 - 分子機能
UPF0736 / Protein of unknown function (DUF3603) / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain ...UPF0736 / Protein of unknown function (DUF3603) / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0736 protein J5227_16610 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC / Negative regulator of tic competence clcC/mecB / UPF0736 protein YjbA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Evans, N.J. / Isaacson, R.L. / Camp, A.H. / Collins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of YjbA in complex with ClpC N-terminal Domain
著者: Evans, N.J. / Isaacson, R.L.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0736 protein B4122_0676,UPF0736 protein YjbA
Z: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC / Negative regulator of tic competence clcC/mecB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8959
ポリマ－59,3182
非ポリマー5777
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Peak shifting was observed upon binding, isothermal titration calorimetry, Fitted data for YjbA ClpC interaction: dH = -19.5 +/- 0.6 kJ/mol; KD = 3.79 +/- 0.50 uM; N = 0.82 +/- ...根拠: gel filtration, Peak shifting was observed upon binding, isothermal titration calorimetry, Fitted data for YjbA ClpC interaction: dH = -19.5 +/- 0.6 kJ/mol; KD = 3.79 +/- 0.50 uM; N = 0.82 +/- 0.01 sites., assay for oligomerization, In an NMR Titration observing chemical shift perturbation peaks disappeared upon binding in a dose dependant manner.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.713, 69.713, 89.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 UPF0736 protein B4122_0676,UPF0736 protein YjbA


分子量: 42370.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: B4122_0676, B4417_4067, Bateq7PJ16_1268, DFO69_2911, J5227_16610, SC09_Contig19orf00439, yjbA, BSU11410
株: 168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085CA92, UniProt: O31597
#2: タンパク質 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC / Negative regulator of tic competence clcC/mecB


分子量: 16947.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_1475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164W157
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 % / 解説: Rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4% PEG 8000, 0.2 M Magnesium Chloride / Temp details: bench top incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→29.9 Å / Num. obs: 28876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 8.8 % / Num. unique obs: 1440 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELXDE位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hbn

5hbn


解像度: 2.09→29.867 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1470 5.11 %
Rwork0.1846 --
obs0.1871 28744 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 37 242 3393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5144387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2872686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.16450.43091510.33852696X-RAY DIFFRACTION99
2.1645-2.25120.33331670.29632725X-RAY DIFFRACTION100
2.2512-2.35360.34221490.2762708X-RAY DIFFRACTION100
2.3536-2.47760.3061210.23962750X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.63280.28511340.2152753X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.83590.26851540.20562714X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-3.1210.23691760.18342695X-RAY DIFFRACTION100
3.121-3.5720.21861200.16042755X-RAY DIFFRACTION100
3.572-4.49790.18031540.13072733X-RAY DIFFRACTION100
4.4979-29.8670.17411440.15282745X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.0773 Å / Origin y: -0.9208 Å / Origin z: 2.6425 Å
111213212223313233
T0.142 Å2-0.0195 Å2-0.0037 Å2-0.3377 Å2-0.0311 Å2--0.2353 Å2
L0.443 °2-0.182 °2-0.146 °2-1.2259 °20.1075 °2--1.7687 °2
S0.0061 Å °0.0972 Å °-0.0191 Å °-0.0484 Å °0.0626 Å °-0.0724 Å °-0.0329 Å °0.355 Å °-0.0505 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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