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- PDB-8b3g: C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b3g
タイトルC(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex.
要素
  • Cullin-4A
  • DNA damage-binding protein 1
  • DNA excision repair protein ERCC-8
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • NEDD8
  • UV-stimulated scaffold protein A
  • Ubiquitin
  • ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 isoform X3
キーワードTRANSCRIPTION / DNA repair / ubiquitin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase inhibitor activity / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / negative regulation of granulocyte differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / single strand break repair / cellular response to chemical stress / regulation of DNA damage checkpoint ...RNA polymerase inhibitor activity / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / negative regulation of granulocyte differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / single strand break repair / cellular response to chemical stress / regulation of DNA damage checkpoint / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / chromatin-protein adaptor activity / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of nucleotide-excision repair / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / UV-damage excision repair / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / SCF ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / viral release from host cell / hemopoiesis / site of DNA damage / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / somatic stem cell population maintenance / anatomical structure morphogenesis / protein monoubiquitination / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of viral genome replication / protein K48-linked ubiquitination / proteasomal protein catabolic process / transcription-coupled nucleotide-excision repair / response to UV / protein autoubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / regulation of cellular response to insulin stimulus / FLT3 signaling by CBL mutants / positive regulation of gluconeogenesis / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / positive regulation of TORC1 signaling / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / post-translational protein modification / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism
類似検索 - 分子機能
UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Zinc finger UVSSA-type profile. / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Nedd8-like ubiquitin / ENTH/VHS / Zinc finger, RING-H2-type ...UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Zinc finger UVSSA-type profile. / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Nedd8-like ubiquitin / ENTH/VHS / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 isoform X3 / Polyubiquitin-C / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / DNA excision repair protein ERCC-8 / Cullin-4A / Ubiquitin-like protein NEDD8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Kokic, G. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Investigator Grant CHROMATRANS (grant agreement No. 882357)European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis for RNA polymerase II ubiquitylation and inactivation in transcription-coupled repair.
著者: Goran Kokic / George Yakoub / Diana van den Heuvel / Annelotte P Wondergem / Paula J van der Meer / Yana van der Weegen / Aleksandar Chernev / Isaac Fianu / Thornton J Fokkens / Sonja Lorenz ...著者: Goran Kokic / George Yakoub / Diana van den Heuvel / Annelotte P Wondergem / Paula J van der Meer / Yana van der Weegen / Aleksandar Chernev / Isaac Fianu / Thornton J Fokkens / Sonja Lorenz / Henning Urlaub / Patrick Cramer / Martijn S Luijsterburg /
要旨: During transcription-coupled DNA repair (TCR), RNA polymerase II (Pol II) transitions from a transcriptionally active state to an arrested state that allows for removal of DNA lesions. This ...During transcription-coupled DNA repair (TCR), RNA polymerase II (Pol II) transitions from a transcriptionally active state to an arrested state that allows for removal of DNA lesions. This transition requires site-specific ubiquitylation of Pol II by the CRL4 ubiquitin ligase, a process that is facilitated by ELOF1 in an unknown way. Using cryogenic electron microscopy, biochemical assays and cell biology approaches, we found that ELOF1 serves as an adaptor to stably position UVSSA and CRL4 on arrested Pol II, leading to ligase neddylation and activation of Pol II ubiquitylation. In the presence of ELOF1, a transcription factor IIS (TFIIS)-like element in UVSSA gets ordered and extends through the Pol II pore, thus preventing reactivation of Pol II by TFIIS. Our results provide the structural basis for Pol II ubiquitylation and inactivation in TCR.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 isoform X3
N: NEDD8
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
U: Ubiquitin
a: DNA excision repair protein ERCC-8
c: UV-stimulated scaffold protein A
d: DNA damage-binding protein 1
e: Cullin-4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,13311
ポリマ－385,9378
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 8分子 DNRUacde

#1: タンパク質 ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 isoform X3


分子量: 16755.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P5C4T4
#2: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
#3: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / ...E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1 / ROC1


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P62877, RING-type E3 ubiquitin transferase, cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase
#4: タンパク質 Ubiquitin / Polyubiquitin-C


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#5: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-8 / Cockayne syndrome WD repeat protein CSA


分子量: 44107.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13216
#6: タンパク質 UV-stimulated scaffold protein A


分子量: 80721.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2YD98
#7: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531
#8: タンパク質 Cullin-4A / CUL-4A


分子量: 87814.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL4A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13619

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非ポリマー , 1種, 3分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3550 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 40.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67365 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00521825
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68129480
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.4212894
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443316
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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