PDB-8b3c: Chalcone synthase from Hordeum vulgare complexed with CoA and eri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b3c

タイトル

Chalcone synthase from Hordeum vulgare complexed with CoA and eriodictyol

要素

Chalcone synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / POLYKETIDE SYNTHASE / CHALCONE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, L. / Groves, M.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Engineering a Plant Polyketide Synthase for the Biosynthesis of Methylated Flavonoids.
著者: Peng, B. / Zhang, L. / He, S. / Oerlemans, R. / Quax, W.J. / Groves, M.R. / Haslinger, K.

履歴

登録	2022年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b3c.cif.gz	306.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b3c.ent.gz	241.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b3c_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b3c_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8b3c_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	8b3c_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b32SC 8b35C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase 2

B: Chalcone synthase 2

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.884, 97.817, 137.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 10 - 390 / Label seq-ID: 28 - 408

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chalcone synthase 2 / Naringenin-chalcone synthase 2 分子量: 45236.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: CHS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96562, chalcone synthase
#2: 化合物	ChemComp-ERD / (2S)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-5,7-DIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE / エリオジクチオ-ル分子量: 288.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M MES/Imidazole pH6.5; 0.03M MgCl2 0.03M CaCl2; 16%Glycerol; 8% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.956 Å / Num. obs: 71897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 17

反射シェル

Num. unique obs: 71897 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.59-48.91	11.1	0.045	0.998	0.018	0.048
2-2.04	12.5	0.985	0.947	0.419	1.071

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8B32

8b32

解像度: 2→48.956 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.243 / WR_factor R_work: 0.206 / SU B: 4.98 / SU ML: 0.129 / Average fsc free: 0.8713 / Average fsc work: 0.8835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	3554	4.949 %
R_work	0.1984	68262	-
all	0.2	-	-
obs	-	71816	99.949 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.967 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.706 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.673 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5827	0	138	164	6129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6086
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.639	8260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.323	1.577	13442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.447	5	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.946	22	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.952	15	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.075	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	5417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.091	4.711	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.091	4.71	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.978	7.062	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.978	7.063	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.127	5.403	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.126	5.404	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.068	7.901	4441
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.067	7.902	4442
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.468	56.701	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.475	56.671	6442
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.078	0.05	12037

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07833	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07833	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.327	252	0.33	4995	X-RAY DIFFRACTION	99.9429
2.052-2.108	0.332	240	0.303	4864	X-RAY DIFFRACTION	99.9413
2.108-2.169	0.324	248	0.285	4751	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.169-2.236	0.274	229	0.265	4585	X-RAY DIFFRACTION	99.9792
2.236-2.309	0.28	237	0.244	4446	X-RAY DIFFRACTION	99.9787
2.309-2.39	0.306	222	0.24	4337	X-RAY DIFFRACTION	99.9561
2.39-2.481	0.275	198	0.24	4176	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
2.481-2.582	0.274	219	0.224	4015	X-RAY DIFFRACTION	99.9528
2.582-2.697	0.263	210	0.222	3872	X-RAY DIFFRACTION	99.9755
2.697-2.828	0.277	201	0.234	3679	X-RAY DIFFRACTION	99.9742
2.828-2.981	0.237	186	0.21	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.162	0.242	165	0.2	3344	X-RAY DIFFRACTION	99.9715
3.162-3.38	0.225	175	0.205	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.38-3.651	0.26	136	0.199	2936	X-RAY DIFFRACTION	99.9675
3.651-3.999	0.236	150	0.186	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.9648
3.999-4.47	0.171	146	0.15	2472	X-RAY DIFFRACTION	99.9618
4.47-5.161	0.191	125	0.145	2185	X-RAY DIFFRACTION	100
5.161-6.319	0.219	88	0.168	1883	X-RAY DIFFRACTION	99.9493
6.319-8.927	0.154	77	0.148	1488	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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