PDB-8b35: Chalcone synthase from Hordeum vulgare complexed with CoA and nar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b35

タイトル

Chalcone synthase from Hordeum vulgare complexed with CoA and naringenin

要素

Chalcone synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / POLYKETIDE SYNTHASE / CHALCONE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, L. / Groves, M.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Engineering a Plant Polyketide Synthase for the Biosynthesis of Methylated Flavonoids.
著者: Peng, B. / Zhang, L. / He, S. / Oerlemans, R. / Quax, W.J. / Groves, M.R. / Haslinger, K.

履歴

登録	2022年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b35.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b35.ent.gz	243.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b35_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b35_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8b35_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	8b35_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b32SC 8b3cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase 2

B: Chalcone synthase 2

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.908, 95.981, 138.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 12 - 391 / Label seq-ID: 30 - 409

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chalcone synthase 2 / Naringenin-chalcone synthase 2 分子量: 45236.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: CHS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96562, chalcone synthase
#2: 化合物	ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン分子量: 272.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES/Imidazole pH6.5; 0.03M MgCl2 0.03M CaCl2; 16% Glycerol; 8% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.037 Å / Num. obs: 67109 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 19.8

反射シェル

Num. unique obs: 67109 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.38-47.99	11.3	0.039	0.999	0.016	0.042
2-2.05	13.5	0.465	0.979	0.19	0.503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
DIMPLE		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8B32

8b32

解像度: 2→48.037 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.16 / SU B: 2.611 / SU ML: 0.074 / Average fsc free: 0.9535 / Average fsc work: 0.9621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1934	3335	4.975 %
R_work	0.1589	63702	-
all	0.161	-	-
obs	-	67037	99.869 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.315 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.247 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.562 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.037 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5804	0	136	367	6307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.658	1.638	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.445	1.576	13387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.147	5	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.744	22.174	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.995	15	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.018	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.546	2.715	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.542	2.714	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.326	4.059	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.325	4.06	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.313	3.364	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.313	3.366	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.271	4.843	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.27	4.845	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.175	33.667	6541
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.152	33.47	6475
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	12013

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08189	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08189	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.243	251	0.183	4621	X-RAY DIFFRACTION	99.918
2.052-2.108	0.212	207	0.165	4539	X-RAY DIFFRACTION	99.7688
2.108-2.17	0.19	209	0.156	4444	X-RAY DIFFRACTION	99.7855
2.17-2.236	0.171	228	0.146	4308	X-RAY DIFFRACTION	99.9119
2.236-2.31	0.185	231	0.138	4151	X-RAY DIFFRACTION	99.9088
2.31-2.391	0.179	207	0.145	4003	X-RAY DIFFRACTION	99.7867
2.391-2.481	0.197	213	0.153	3909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.582	0.165	197	0.148	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.697	0.203	183	0.157	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.828	0.187	162	0.159	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.981	0.205	163	0.154	3297	X-RAY DIFFRACTION	99.9134
2.981-3.162	0.194	174	0.158	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.939
3.162-3.38	0.21	171	0.164	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.9358
3.38-3.651	0.194	155	0.163	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.5129
3.651-3.999	0.188	129	0.163	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.9628
3.999-4.471	0.178	131	0.142	2292	X-RAY DIFFRACTION	100
4.471-5.162	0.163	117	0.143	2045	X-RAY DIFFRACTION	100
5.162-6.319	0.218	91	0.19	1761	X-RAY DIFFRACTION	99.7308
6.319-8.928	0.211	69	0.171	1373	X-RAY DIFFRACTION	99.2429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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