PDB-8b32: Chalcone synthase from Hordeum vulgare complexed with CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b32

タイトル

Chalcone synthase from Hordeum vulgare complexed with CoA

要素

Chalcone synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / POLYKETIDE SYNTHASE / CHALCONE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, L. / Groves, M.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Engineering a Plant Polyketide Synthase for the Biosynthesis of Methylated Flavonoids.
著者: Peng, B. / Zhang, L. / He, S. / Oerlemans, R. / Quax, W.J. / Groves, M.R. / Haslinger, K.

履歴

登録	2022年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b32.cif.gz	310.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b32.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b35C 8b3cC 6dxbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase 2

B: Chalcone synthase 2

ヘテロ分子

92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.805, 98.963, 138.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 10 - 391 / Label seq-ID: 28 - 409

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chalcone synthase 2 / Naringenin-chalcone synthase 2 分子量: 45236.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: CHS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96562, chalcone synthase
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES/Imidazole pH6.5; 0.03M MgCl2 0.03M CaCl2; 16% Glycerol; 8% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→45.829 Å / Num. obs: 117451 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 18.3

反射シェル

Num. unique obs: 117451 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.31-45.79	10.8	0.041	0.998	0.017	0.044
1.7-1.73	13.7	1.334	0.885	0.536	1.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DXB

6dxb

解像度: 1.7→45.829 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.212 / WR_factor R_work: 0.183 / SU B: 1.86 / SU ML: 0.059 / Average fsc free: 0.9256 / Average fsc work: 0.9357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2046	5895	5.023 %
R_work	0.1766	111461	-
all	0.178	-	-
obs	-	117356	99.737 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.018 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.958 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.672 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5820	0	96	401	6317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	6076
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.638	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.489	1.577	13481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.221	5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.489	22.028	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.851	15	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.018	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	5273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.635	3.137	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.633	3.136	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.253	4.695	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.252	4.695	3855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.457	3.736	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.457	3.737	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.483	5.395	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.483	5.396	4392
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.169	38.219	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.154	37.942	6385
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.069	0.05	12121

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06871	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06871	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.28	433	0.261	8151	X-RAY DIFFRACTION	99.9302
1.744-1.792	0.272	435	0.237	7950	X-RAY DIFFRACTION	99.9166
1.792-1.844	0.244	434	0.212	7763	X-RAY DIFFRACTION	99.9025
1.844-1.901	0.213	376	0.202	7533	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
1.901-1.963	0.221	406	0.193	7291	X-RAY DIFFRACTION	99.8573
1.963-2.032	0.24	385	0.185	7037	X-RAY DIFFRACTION	99.5974
2.032-2.108	0.212	365	0.178	6818	X-RAY DIFFRACTION	99.9026
2.108-2.194	0.234	332	0.168	6602	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
2.194-2.292	0.198	344	0.158	6324	X-RAY DIFFRACTION	99.9101
2.292-2.404	0.196	310	0.168	6041	X-RAY DIFFRACTION	99.9213
2.404-2.534	0.204	315	0.168	5766	X-RAY DIFFRACTION	99.7867
2.534-2.687	0.207	279	0.173	5471	X-RAY DIFFRACTION	99.8264
2.687-2.873	0.209	276	0.174	5092	X-RAY DIFFRACTION	98.8582
2.873-3.103	0.21	235	0.172	4793	X-RAY DIFFRACTION	99.5644
3.103-3.399	0.205	254	0.176	4419	X-RAY DIFFRACTION	99.8078
3.399-3.8	0.2	209	0.177	4006	X-RAY DIFFRACTION	99.8342
3.8-4.387	0.192	174	0.161	3597	X-RAY DIFFRACTION	99.894
4.387-5.372	0.158	152	0.157	3051	X-RAY DIFFRACTION	99.7198
5.372-7.591	0.192	106	0.193	2375	X-RAY DIFFRACTION	97.6387

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関連情報:EMDBヘッダ

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