PDB-8b2r: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b2r

タイトル

Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikF with a rice (Oryza sativa) RGA5 HMA domain mutant.

要素

AVR-Pik protein
Disease resistance protein RGA5

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / heavy-metal associated domain / plant immunity / fungal pathogen / Magnaporthe oryzae / rice blast / rice / NLR / MAX effector

機能・相同性

機能・相同性情報

innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa (イネ)

Pyricularia oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Bentham, A.R. / Banfield, M.J.

資金援助

英国, European Union, 5件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/P012574	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBS/E/J/000PR9797	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011216/1	英国
European Research Council (ERC)	743165	European Union
John Innes Foundation		英国

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2023
タイトル: Allelic compatibility in plant immune receptors facilitates engineering of new effector recognition specificities.
著者: Bentham, A.R. / De la Concepcion, J.C. / Benjumea, J.V. / Kourelis, J. / Jones, S. / Mendel, M. / Stubbs, J. / Stevenson, C.E.M. / Maidment, J.H.R. / Youles, M. / Zdrzalek, R. / Kamoun, S. / Banfield, M.J.

履歴

登録	2022年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b2r.cif.gz	194.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b2r.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b2r_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b2r_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	8b2r_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	8b2r_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b1iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Disease resistance protein RGA5

B: AVR-Pik protein

ヘテロ分子

18.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, surface plasmon resonance, immunoprecipitation

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.906, 57.896, 76.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Disease resistance protein RGA5 / Os11gRGA5 / SasRGA5 分子量: 8409.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: RGA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7J0N2
#2: タンパク質	AVR-Pik protein / AVR-Pik protein ( Pikmprotein / Pikp protein ) / AvrPi7 protein 分子量: 9922.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyricularia oryzae (菌類) / 遺伝子: AVR-Pik, AvrPik, Pikm, Pikp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4B8B8

-
非ポリマー , 4種, 184分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→46.242 Å / Num. obs: 42985 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / R_merge(I) obs: 1.719 / Num. unique obs: 1915 / CC_1/2: 0.324

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7B1I

7b1i

解像度: 1.22→46.242 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.192 / WR_factor R_work: 0.141 / SU B: 2.294 / SU ML: 0.043 / Average fsc free: 0.958 / Average fsc work: 0.9747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	2125	4.961 %
R_work	0.1502	40711	-
all	0.153	-	-
obs	-	42836	99.397 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.955 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.582 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.373 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→46.242 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1282	0	11	180	1473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.808	1.644	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.614	1.575	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.728	5	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.678	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.677	10	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.16	10	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.286	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	743
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.289	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.21	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.275	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.328	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.207	1.108	675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.207	1.107	675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.644	1.669	846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.642	1.67	847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.575	1.396	689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.573	1.395	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.984	1.995	997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.982	1.995	998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.218	24.797	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.129	23.223	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.437	3	2641

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.22-1.252	0.345	146	0.314	2781	0.316	3134	0.883	0.913	93.395	0.316
1.252-1.286	0.304	166	0.28	2851	0.281	3067	0.927	0.935	98.3697	0.28
1.286-1.323	0.259	153	0.243	2816	0.244	2970	0.944	0.951	99.9663	0.239
1.323-1.364	0.303	148	0.214	2738	0.218	2886	0.932	0.967	100	0.205
1.364-1.409	0.266	143	0.181	2672	0.185	2815	0.953	0.977	100	0.168
1.409-1.458	0.218	129	0.165	2609	0.168	2738	0.965	0.981	100	0.15
1.458-1.513	0.231	137	0.155	2478	0.159	2616	0.959	0.985	99.9618	0.136
1.513-1.575	0.181	128	0.128	2408	0.131	2536	0.982	0.99	100	0.111
1.575-1.645	0.183	116	0.117	2285	0.12	2402	0.979	0.991	99.9584	0.1
1.645-1.725	0.204	103	0.115	2242	0.118	2345	0.974	0.991	100	0.097
1.725-1.818	0.165	100	0.122	2123	0.124	2223	0.983	0.991	100	0.106
1.818-1.928	0.206	109	0.125	2007	0.13	2116	0.974	0.99	100	0.111
1.928-2.061	0.177	103	0.12	1888	0.123	1991	0.981	0.991	100	0.109
2.061-2.226	0.187	86	0.124	1765	0.126	1851	0.98	0.991	100	0.114
2.226-2.438	0.163	79	0.135	1653	0.136	1732	0.983	0.989	100	0.127
2.438-2.724	0.199	69	0.137	1485	0.14	1554	0.975	0.988	100	0.133
2.724-3.144	0.18	70	0.147	1326	0.148	1396	0.976	0.986	100	0.145
3.144-3.846	0.215	70	0.148	1133	0.151	1203	0.969	0.986	100	0.152
3.846-5.421	0.204	48	0.144	901	0.146	949	0.981	0.989	100	0.157
5.421-46.242	0.186	22	0.21	550	0.208	572	0.961	0.969	100	0.219

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1581	0.2991	-0.1351	1.9644	-0.4853	1.4056	-0.019	0.1188	0.0291	-0.1265	-0.0121	-0.0595	-0.0435	0.0512	0.0311	0.0442	-0.002	-0.0003	0.0174	0.005	0.0037	12.3203	-1.0959	-16.6194
2	1.5849	-0.1306	-0.3377	1.2944	0.6836	1.6564	0.0137	-0.1223	0.1249	0.0151	0.0178	0.0257	-0.1072	0.0135	-0.0315	0.0249	-0.0044	0.0026	0.0121	-0.0082	0.0117	2.1982	-0.3647	-0.307

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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