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- PDB-8b2p: CYP153A71 from Acinetobacter dieselolei bound to octanoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2p
タイトルCYP153A71 from Acinetobacter dieselolei bound to octanoic acid
要素Cytochrome P450 alkane hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alkane hydroxylase Cytochrome P450 monooxygenase CYP153 Octanoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / Cytochrome P450 alkane hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcanivorax dieselolei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Opperman, D.J. / Tolmie, C.
資金援助 英国, 南アフリカ, 3件
組織認可番号国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
National Research Foundation in South Africa112094 南アフリカ
Department of Science and Innovation, South Africac*change, PAR-02 南アフリカ
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2022
タイトル: CYP153A71 from Alcanivorax dieselolei: Oxidation beyond Monoterminal Hydroxylation of n-Alkanes
著者: Jacobs, C.L. / do Aido-Machado, R. / Tolmie, C. / Smit, M.S. / Opperman, D.J.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 alkane hydroxylase
B: Cytochrome P450 alkane hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2856
ポリマ－107,7632
非ポリマー1,5214
水5,062281
1
A: Cytochrome P450 alkane hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6423
ポリマ－53,8821
非ポリマー7612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 alkane hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6423
ポリマ－53,8821
非ポリマー7612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.661, 76.817, 107.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 49 - 468 / Label seq-ID: 49 - 468

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 alkane hydroxylase


分子量: 53881.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcanivorax dieselolei (バクテリア)
遺伝子: p450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0Q1H3
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 12% (w/v) polyethylene glycol 3350 10 mM octanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.11 Å / Num. obs: 66934 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 227101 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-23.51.3651556644660.5190.8571.6151.297
9.15-46.113.20.03622256910.9970.0240.04324.797.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.08 Å46.11 Å
Translation5.08 Å46.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROC1.0.5データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FYF

5fyf


解像度: 1.95→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2547 / WRfactor Rwork: 0.2119 / FOM work R set: 0.5859 / SU B: 11.558 / SU ML: 0.277 / SU R Cruickshank DPI: 0.2104 / SU Rfree: 0.1831 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2707 3379 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.2311 63554 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.25 Å2 / Biso mean: 40.926 Å2 / Biso min: 14.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.17 Å20 Å23.75 Å2
2---2.65 Å20 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6843 0 106 285 7234
Biso mean--27.5 41.17 -
残基数----844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0137167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0156815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.6689709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.121.59615659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.01921.494435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.847151266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.641570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021762
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14481 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 264 -
Rwork0.386 4632 -
all-4896 -
obs--97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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