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- PDB-8b2d: CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL FLAVIN CONTAINING MONOOXYGENASE TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL FLAVIN CONTAINING MONOOXYGENASE THERMORESISTANT MUTANT, IN COMPLEX WITH NADP+
要素Flavin-containing monooxygenase, Fmo
キーワードOXIDOREDUCTASE / thermoresistant mutant / complex / flavin adenine dinucleotide / nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-containing monooxygenase / hypotaurine dehydrogenase activity / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Flavin-containing monooxygenase, Fmo
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J. / Ferrer Martinez, M. / Goris, M. / Bjerga, G.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-105838RB-C33 スペイン
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Increased Thermostability of an Engineered Flavin-Containing Monooxygenase to Remediate Trimethylamine in Fish Protein Hydrolysates.
著者: Goris, M. / Cea-Rama, I. / Puntervoll, P. / Ree, R. / Almendral, D. / Sanz-Aparicio, J. / Ferrer, M. / Bjerga, G.E.K.
履歴
登録2022年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-containing monooxygenase, Fmo
B: Flavin-containing monooxygenase, Fmo
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,34517
ポリマ－108,2632
非ポリマー4,08315
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA Analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.606, 130.361, 115.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-503-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 444 / Label seq-ID: 2 - 444

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flavin-containing monooxygenase, Fmo


分子量: 54131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)
遺伝子: MAMP_00532 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: F5SYD3, flavin-containing monooxygenase

-
非ポリマー , 7種, 510分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M (NH4)SO4, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979264 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979264 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→45.27 Å / Num. obs: 120046 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 5926 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XVE

2xve


解像度: 1.62→45.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.505 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1797 6049 5 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
obs0.1625 113948 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.57 Å2 / Biso mean: 21.524 Å2 / Biso min: 12.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.57 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7337 0 264 495 8096
Biso mean--24.92 28.25 -
残基数----892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.65510696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4461.58415789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.835894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50622.528451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.371151215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6031544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021915
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15825 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 416 -
Rwork0.207 8361 -
all-8777 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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