PDB-8b2b: Crystal structure of type I dehydroquinase from Salmonella typhi ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b2b

タイトル

Crystal structure of type I dehydroquinase from Salmonella typhi inhibited by an epoxide derivative

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE / CHORISMATE BIOSYNTHETIC PROCESS / 3-DEHYDROQUINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Otero, J.M. / Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Quinate-based ligands for irreversible inactivation of the bacterial virulence factor DHQ1 enzyme-A molecular insight.
著者: Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.

履歴

登録	2022年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b2b.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b2b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b2b_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b2b_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8b2b_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	8b2b_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b2aC 8b2cC 4cnnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3-dehydroquinate dehydratase

BBB: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.503, 43.626, 72.372
Angle α, β, γ (deg.)	84.246, 85.965, 60.935
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase / Type I dehydroquinase / DHQ1 分子量: 27680.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: aroD, STY1760, t1231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24670, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-PVI / (4R,5R)-3-amino-4,5-dihydroxy-cyclohexene-1-carboxylic acid / (4~{R},5~{R})-3-amino-4,5-dihydroxy-cyclohexene-1-carboxylic acid 分子量: 173.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M MES-NaOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→71.99 Å / Num. obs: 33302 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.7791 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4751 / R_pim(I) all: 0.277 / R_rim(I) all: 0.392 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CNN

4cnn

解像度: 1.9→38.051 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 8.347 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	1729	5.256 %
R_work	0.2183	31164	-
all	0.222	-	-
obs	-	32893	92.334 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.278 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.102 Å²	-0.792 Å²	1.487 Å²
2-	-	2.879 Å²	-2.997 Å²
3-	-	-	-2.799 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.051 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	26	144	4022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.641	5382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.579	8900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.478	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.186	22.063	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.683	15	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.416	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.04	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.029	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.062	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.637	3.506	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.635	3.504	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.686	5.252	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.687	5.254	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.08	3.827	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.08	3.827	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.623	5.611	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.623	5.611	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.063	42.337	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.061	42.303	4336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.438	119	0.473	2179	X-RAY DIFFRACTION	88.1135
1.949-2.003	0.324	132	0.318	2266	X-RAY DIFFRACTION	92.6942
2.003-2.061	0.288	114	0.294	2236	X-RAY DIFFRACTION	93.5882
2.061-2.124	0.268	137	0.267	2093	X-RAY DIFFRACTION	92.5695
2.124-2.194	0.316	115	0.246	2097	X-RAY DIFFRACTION	92.591
2.194-2.271	0.443	99	0.428	1675	X-RAY DIFFRACTION	79.5873
2.271-2.356	0.339	103	0.261	1745	X-RAY DIFFRACTION	85.7939
2.356-2.452	0.302	79	0.214	1947	X-RAY DIFFRACTION	93.9703
2.452-2.561	0.251	81	0.19	1819	X-RAY DIFFRACTION	92.955
2.561-2.686	0.286	115	0.207	1721	X-RAY DIFFRACTION	94.7368
2.686-2.831	0.305	90	0.181	1633	X-RAY DIFFRACTION	94.4627
2.831-3.003	0.287	57	0.187	1597	X-RAY DIFFRACTION	95.4414
3.003-3.209	0.236	76	0.196	1482	X-RAY DIFFRACTION	95.058
3.209-3.466	0.246	71	0.211	1377	X-RAY DIFFRACTION	95.5776
3.466-3.796	0.28	105	0.205	1197	X-RAY DIFFRACTION	93.133
3.796-4.242	0.207	38	0.177	1194	X-RAY DIFFRACTION	96.1749
4.242-4.896	0.193	72	0.147	1013	X-RAY DIFFRACTION	96.4444
4.896-5.989	0.297	45	0.162	858	X-RAY DIFFRACTION	96.7846
5.989-8.441	0.248	52	0.156	674	X-RAY DIFFRACTION	97.9757
8.441-38.051	0.255	29	0.152	361	X-RAY DIFFRACTION	97.99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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