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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b2a | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of type I dehydroquinase from Salmonella typhi inhibited by an epoxide derivative | |||||||||
![]() | 3-dehydroquinate dehydratase | |||||||||
![]() | LYASE / CHORISMATE BIOSYNTHETIC PROCESS / 3-DEHYDROQUINASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Otero, J.M. / Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Quinate-based ligands for irreversible inactivation of the bacterial virulence factor DHQ1 enzyme-A molecular insight. 著者: Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. #1: ![]() タイトル: Self-Immolation of a Bacterial Dehydratase Enzyme by its Epoxide Product. 著者: Lence, E. / Maneiro, M. / Sanz-Gaitero, M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. #2: ![]() タイトル: Hydroxylammonium derivatives for selective active-site lysine modification in the anti-virulence bacterial target DHQ1 enzyme 著者: Maneiro, M. / Lence, E. / Sanz-Gaitero, M. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b2bC ![]() 8b2cC ![]() 6sfhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27026.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aroD, SAB0760 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→81.95 Å / Num. obs: 54904 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.3495 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7939 / CC1/2: 0.953 / Rpim(I) all: 0.202 / Rrim(I) all: 0.381 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6SFH 解像度: 1.65→79.701 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.959 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.147 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→79.701 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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