PDB-8b2a: Crystal structure of type I dehydroquinase from Staphylococcus au...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b2a

タイトル

Crystal structure of type I dehydroquinase from Staphylococcus aureus inhibited by a hydroxylamine derivative

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE / CHORISMATE BIOSYNTHETIC PROCESS / 3-DEHYDROQUINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Otero, J.M. / Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Quinate-based ligands for irreversible inactivation of the bacterial virulence factor DHQ1 enzyme-A molecular insight.
著者: Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.

履歴

登録	2022年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.4	2025年4月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b2a.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b2a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b2a_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b2a_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8b2a_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	8b2a_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b2bC 8b2cC 6sfhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3-dehydroquinate dehydratase

BBB: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

AAA: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

BBB: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.382, 79.574, 83.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.171, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-401- HOH
2	1	BBB-401- HOH

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase / Type I dehydroquinase / DHQ1 分子量: 27026.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: aroD, SAB0760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YWJ9, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-PVI / (4R,5R)-3-amino-4,5-dihydroxy-cyclohexene-1-carboxylic acid / (4~{R},5~{R})-3-amino-4,5-dihydroxy-cyclohexene-1-carboxylic acid 分子量: 173.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→81.95 Å / Num. obs: 54904 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.3495 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.027 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7939 / CC_1/2: 0.953 / R_pim(I) all: 0.202 / R_rim(I) all: 0.381 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SFH

6sfh

解像度: 1.65→79.701 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.959 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2771	5.047 %
R_work	0.2193	52133	-
all	0.221	-	-
obs	-	54904	97.769 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.026 Å²	0 Å²	-1.376 Å²
2-	-	3.294 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.599 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→79.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3704	0	33	150	3887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.639	5209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.582	8432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.744	5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.941	25.028	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.022	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.842	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.016	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.184	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.393	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.456	3.311	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.444	3.31	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.35	4.965	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.352	4.966	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.967	3.614	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.962	3.599	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.395	5.321	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.39	5.297	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.766	39.92	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.767	39.879	4161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.319	185	0.293	3846	X-RAY DIFFRACTION	98.3171
1.693-1.739	0.361	219	0.292	3689	X-RAY DIFFRACTION	96.637
1.739-1.79	0.333	192	0.274	3647	X-RAY DIFFRACTION	98.7905
1.79-1.845	0.376	182	0.265	3535	X-RAY DIFFRACTION	97.2527
1.845-1.905	0.313	157	0.264	3490	X-RAY DIFFRACTION	97.8535
1.905-1.972	0.263	177	0.256	3287	X-RAY DIFFRACTION	98.2138
1.972-2.046	0.294	178	0.243	3231	X-RAY DIFFRACTION	97.9316
2.046-2.13	0.256	153	0.254	3125	X-RAY DIFFRACTION	98.4089
2.13-2.225	0.261	154	0.235	2967	X-RAY DIFFRACTION	98.7346
2.225-2.333	0.27	163	0.23	2825	X-RAY DIFFRACTION	97.8389
2.333-2.459	0.285	152	0.233	2701	X-RAY DIFFRACTION	97.5051
2.459-2.608	0.25	113	0.212	2587	X-RAY DIFFRACTION	98.3248
2.608-2.788	0.256	121	0.22	2419	X-RAY DIFFRACTION	98.7175
2.788-3.011	0.249	106	0.225	2270	X-RAY DIFFRACTION	98.0198
3.011-3.298	0.282	131	0.231	2013	X-RAY DIFFRACTION	96.8383
3.298-3.687	0.24	111	0.216	1819	X-RAY DIFFRACTION	96.3555
3.687-4.255	0.216	98	0.177	1607	X-RAY DIFFRACTION	96.6006
4.255-5.208	0.198	93	0.164	1394	X-RAY DIFFRACTION	97.0627
5.208-7.351	0.299	53	0.239	1071	X-RAY DIFFRACTION	96.0684
7.351-79.701	0.2	33	0.175	610	X-RAY DIFFRACTION	95.8271

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関連情報:EMDBヘッダ

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