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- PDB-8b25: Dihydroprecondylocarpine acetate synthase 2 from Tabernanthe ibog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b25
タイトルDihydroprecondylocarpine acetate synthase 2 from Tabernanthe iboga - stemmadenine acetate bound structure
要素Dihydroprecondylocarpine acetate synthase 2
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaloid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
stemmadenine acetate / Dihydroprecondylocarpine acetate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Tabernanthe iboga (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Langley, C. / Basquin, J. / Caputi, L. / O'Connor, S.E.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)788301European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Expansion of the Catalytic Repertoire of Alcohol Dehydrogenases in Plant Metabolism.
著者: Langley, C. / Tatsis, E. / Hong, B. / Nakamura, Y. / Paetz, C. / Stevenson, C.E.M. / Basquin, J. / Lawson, D.M. / Caputi, L. / O'Connor, S.E.
履歴
登録2022年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroprecondylocarpine acetate synthase 2
B: Dihydroprecondylocarpine acetate synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,98813
ポリマ－78,5602
非ポリマー1,42811
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.186, 79.845, 130.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 63 or (resid 64...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 6 or (resid 7...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERPROA1 - 358
d_12ens_1EDOEDOD
d_21ens_1SERPROH1 - 358
d_22ens_1EDOEDOJ

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999977571998, -0.00108933946923, -0.00660824031806), (-0.00159359684052, 0.997046100764, 0.0767888885249), (0.00650507107496, 0.0767976971745, -0.99702547498) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999977571998, -0.00108933946923, -0.00660824031806), (-0.00159359684052, 0.997046100764, 0.0767888885249), (0.00650507107496, 0.0767976971745, -0.99702547498)
ベクター: 110.048619869, -7.33477858761, 188.662592158)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroprecondylocarpine acetate synthase 2


分子量: 39280.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tabernanthe iboga (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B8X8Z0

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非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-OSO / stemmadenine acetate / methyl (1~{S},2~{S},14~{S})-2-(acetyloxymethyl)-16-ethylidene-4-aza-14-azoniatetracyclo[12.2.2.0^{3,11}.0^{5,10}]octadeca-3(11),5,7,9-tetraene-2-carboxylate


分子量: 397.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 23% w/v PEG 3350, 250 mM sodium sulfate and 0.75 mM stemmadenine acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→39.92 Å / Num. obs: 35719 / % possible obs: 94.79 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 44.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.69
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / Num. unique obs: 2561 / CC1/2: 0.586

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc6_4061精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FI3

5fi3


解像度: 2.24→39.92 Å / SU ML: 0.327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.0979
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 3385 5.02 %
Rwork0.1739 64083 -
obs0.1761 35719 94.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→39.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5272 0 90 168 5530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01495469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46757453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0753876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0128954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0469770
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.45339167735 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.270.4395940.36181742X-RAY DIFFRACTION61.4
2.27-2.30.3751010.32442003X-RAY DIFFRACTION69.9
2.3-2.340.31491130.28312113X-RAY DIFFRACTION74.57
2.34-2.380.30331170.2772257X-RAY DIFFRACTION81.38
2.38-2.420.34211320.2582524X-RAY DIFFRACTION88.09
2.42-2.460.31561450.2392724X-RAY DIFFRACTION96.5
2.46-2.510.2661480.22362769X-RAY DIFFRACTION98.38
2.51-2.560.29161470.21322773X-RAY DIFFRACTION99.56
2.56-2.620.28321500.20912864X-RAY DIFFRACTION99.83
2.62-2.680.2791470.21042801X-RAY DIFFRACTION99.83
2.68-2.750.28291510.21242817X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.820.29521530.2142836X-RAY DIFFRACTION99.87
2.82-2.90.2291480.20682794X-RAY DIFFRACTION99.8
2.9-30.26231530.19032820X-RAY DIFFRACTION99.87
3-3.10.21811510.18962826X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.230.27651490.1932828X-RAY DIFFRACTION99.97
3.23-3.370.23951510.17982837X-RAY DIFFRACTION99.9
3.38-3.550.26161470.16662805X-RAY DIFFRACTION99.8
3.55-3.780.16321520.15272853X-RAY DIFFRACTION99.9
3.78-4.070.18011470.14592813X-RAY DIFFRACTION99.97
4.07-4.480.16161460.13262816X-RAY DIFFRACTION100
4.48-5.120.16391510.12972817X-RAY DIFFRACTION99.9
5.12-6.450.2171490.15662837X-RAY DIFFRACTION100
6.45-39.920.16841430.15272814X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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