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- PDB-8b24: Time-resolved structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b24
タイトルTime-resolved structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima 3600-seconds post reaction initiation with Na+
要素K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane bound pyrophosphatase / enzyme / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / potassium ion binding / sodium ion transmembrane transport / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Strauss, J. / Vidilaseris, K. / Goldman, A.
資金援助European Union, 英国, フィンランド, 3件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission722687European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M021610/1 英国
Academy of Finland1322609 and 308105 フィンランド
引用
ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2024
タイトル: Functional and structural asymmetry suggest a unifying principle for catalysis in membrane-bound pyrophosphatases.
著者: Strauss, J. / Wilkinson, C. / Vidilaseris, K. / de Castro Ribeiro, O.M. / Liu, J. / Hillier, J. / Wichert, M. / Malinen, A.M. / Gehl, B. / Jeuken, L.J. / Pearson, A.R. / Goldman, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
B: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,08016
ポリマ－156,4342
非ポリマー64614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area40860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.108, 111.068, 105.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 8 through 42 or (resid 43...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 8 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PHEPHELEULEUAA8 - 34717 - 356
d_12GLYGLYLEULEUAA349 - 540358 - 549
d_13ALAALAALAALAAA542551
d_14VALVALLEULEUAA544 - 643553 - 652
d_15GLYGLYPHEPHEAA645 - 726654 - 735
d_16MGMGMGMGAD802
d_17MGMGMGMGAE803
d_18MGMGMGMGAF804
d_21PHEPHELEULEUBB8 - 34717 - 356
d_22GLYGLYLEULEUBB349 - 540358 - 549
d_23ALAALAALAALABB542551
d_24VALVALARGARGBB544 - 579553 - 588
d_25ASPASPLEULEUBB595 - 643604 - 652
d_26GLYGLYPHEPHEBB645 - 726654 - 735
d_27MGMGMGMGBL803
d_28MGMGMGMGBM804
d_29MGMGMGMGBN805

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.601688165156, -0.0292752619146, -0.79819440674), (-0.0276269152687, -0.999492909897, 0.0158327703819), (-0.798253158756, 0.0125252586825, -0.602191840223)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.601688165156, -0.0292752619146, -0.79819440674), (-0.0276269152687, -0.999492909897, 0.0158327703819), (-0.798253158756, 0.0125252586825, -0.602191840223)
ベクター: -24.3448916571, 44.1759806619, -47.8080156845)

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要素

#1: タンパク質 K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump / Membrane-bound sodium-translocating pyrophosphatase / Pyrophosphate-energized inorganic ...Membrane-bound sodium-translocating pyrophosphatase / Pyrophosphate-energized inorganic pyrophosphatase / Na(+)-PPase / Tm-PPase


分子量: 78217.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: hppA, TM_0174 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9S5X0, EC: 7.2.3.-
#2: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 60 mM Tris-HCl pH 8.0, 26% v/v PEG400, 175 mM KCl, 2.4 mM MgCl2, 2 mM K4PPi, 20 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.53→99.74 Å / Num. obs: 6063 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 287.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 4.53→5.22 Å / Num. unique obs: 303 / CC1/2: 0.537
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lzq, D_1292125586

5lzq


解像度: 4.53→99.74 Å / SU ML: 0.7263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 56.6425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3606 327 5.42 %
Rwork0.3259 5705 -
obs0.3275 6032 56.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 389.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.53→99.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10212 0 30 0 10242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003310484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.635614333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.26583485
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.05076609375 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.53-5.70.5888400.4994918X-RAY DIFFRACTION18.04
5.7-99.740.35232870.31764787X-RAY DIFFRACTION93.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.211795758451.76183901594-2.16405904393.634782841391.579576752213.39317060983-1.11357425035-2.18624148336-2.336138365591.502058576261.328198650521.489265318382.191676546581.2110772781-0.001040165179973.617633571660.2585517867110.0965426961783.403872596151.13984903554.324183078835.485956543523.0878992686-1.65156953408
21.58349244265-1.54358278051.520239802562.56648367483-3.106402096843.62307336623-0.123718001364-2.97417759066-1.326617264281.49302705603-0.107308564315-1.20504722166-0.0793659641654-0.5853492244920.08576386980262.43878295164-1.31900569551-0.01982969648884.516248055420.2965998680392.203434787837.2995603664216.688164099-9.85814351583
33.077467272070.7261026802611.953474661783.773095992941.586033009615.86549192990.936376078287-1.42062560509-2.304366273852.86667665579-1.28166222043-0.7400670045590.676547081512-1.98433672050.1268925740171.616698731950.3965758973380.4347168897032.984004785630.7695144284142.42219236301-3.8010804530316.1358474433-16.9101725234
43.22604236244-2.40768130029-4.680673348551.796519090553.37697822246.711864601431.289235632051.34147162624-0.818107240151-3.62732012155-1.929328611240.651204760913-3.44137916156-2.30556371917-0.7716051550774.174145123312.59934350473-0.2335255869473.28549748579-0.3057771331844.0627170846-23.755301050642.8175839647-47.5856502129
59.21066026189-0.3429655916491.204116388026.156220768973.825081180012.4942605891-0.3235120233430.65496369012-0.612369176519-1.157157413410.890625626521.034604182260.841250850739-0.230586875367-0.001616230115072.661772215580.677067189042-0.04269019416893.036731924311.567618393832.57338108791-11.459300745136.1146850386-45.9223560048
67.20314491441-3.646449538471.668313711963.385539617971.25089334233.335420025012.90762044156-2.76339002194-0.01988863314023.37737562789-2.652183704273.042889325262.77694835325-0.4585396269073.653429635394.0743156041-1.185198562841.62476968395.70982578535-1.381800921422.52212838593-15.43143034223.5825536304-60.2533978947
76.490138191441.059120462980.789069630496.076143429840.9397681852482.38614199774-0.1909572602371.389470202342.13406868203-0.1672319685260.1542956685371.2224339837-0.462729005413-1.01140366381-0.00215970257882.461651324061.141995231360.4485871418133.085981728520.3987778581411.90696681991-13.220887321525.7636411359-36.1004892104
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 159 )AA2 - 1591 - 158
22chain 'A' and (resid 160 through 401 )AA160 - 401159 - 400
33chain 'A' and (resid 402 through 726 )AA402 - 726401 - 710
44chain 'B' and (resid 8 through 111 )BI8 - 1111 - 104
55chain 'B' and (resid 112 through 279 )BI112 - 279105 - 272
66chain 'B' and (resid 280 through 344 )BI280 - 344273 - 337
77chain 'B' and (resid 345 through 726 )BI345 - 726338 - 705

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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