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- PDB-8b23: Time-resolved structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b23
タイトルTime-resolved structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima 600-seconds post reaction initiation with Na+
要素K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane bound pyrophosphatase / enzyme / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / potassium ion binding / sodium ion transmembrane transport / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Strauss, J. / Vidilaseris, K. / Goldman, A.
資金援助European Union, 英国, フィンランド, 3件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission722687European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M021610/1 英国
Academy of Finland1322609 and 308105 フィンランド
引用
ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2024
タイトル: Functional and structural asymmetry suggest a unifying principle for catalysis in membrane-bound pyrophosphatases.
著者: Strauss, J. / Wilkinson, C. / Vidilaseris, K. / de Castro Ribeiro, O.M. / Liu, J. / Hillier, J. / Wichert, M. / Malinen, A.M. / Gehl, B. / Jeuken, L.J. / Pearson, A.R. / Goldman, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
B: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,7057
ポリマ－156,4342
非ポリマー2715
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area42950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.327, 111.552, 106.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 10 through 32 or (resid 33...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 10 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILESERA9 - 39
d_12ens_1ILEILEA41 - 56
d_13ens_1LYSALAA58 - 105
d_14ens_1ALAARGA107 - 109
d_15ens_1THRLYSA111 - 112
d_16ens_1GLYTRPA115 - 150
d_17ens_1GLYILEA152 - 159
d_18ens_1THRASNA161 - 162
d_19ens_1LEUALAA164 - 186
d_110ens_1PHEASNA188 - 213
d_111ens_1ALAVALA223 - 266
d_112ens_1HISILEA275 - 308
d_113ens_1ASPLEUA314 - 324
d_114ens_1THRTYRA326 - 340
d_115ens_1TYRTYRA342
d_116ens_1LYSLEUA344 - 346
d_117ens_1GLYSERA348 - 397
d_118ens_1THRGLYA399 - 400
d_119ens_1VALILEA402 - 467
d_120ens_1ASPGLUA474 - 476
d_121ens_1ARGLYSA478 - 479
d_122ens_1THRASPA481 - 482
d_123ens_1LEUALAA484 - 499
d_124ens_1GLYALAA501 - 507
d_125ens_1SERLEUA509 - 510
d_126ens_1ALALEUA512 - 537
d_127ens_1ALAALAA539
d_128ens_1VALLYSA541 - 569
d_129ens_1ASNARGA573 - 574
d_130ens_1ILELYSA576 - 585
d_131ens_1METGLYA587 - 588
d_132ens_1PROLEUA590 - 619
d_133ens_1GLYSERA621 - 654
d_134ens_1PROLYSA656 - 697
d_135ens_1VALPHEA699 - 702
d_21ens_1ILESERH3 - 33
d_22ens_1ILEILEH35 - 50
d_23ens_1LYSALAH52 - 99
d_24ens_1ALAARGH101 - 103
d_25ens_1THRLYSH105 - 106
d_26ens_1GLYTRPH109 - 144
d_27ens_1GLYILEH146 - 153
d_28ens_1THRASNH155 - 156
d_29ens_1LEUALAH158 - 180
d_210ens_1PHEASNH182 - 207
d_211ens_1ALALEUH217 - 305
d_212ens_1THRTYRH307 - 321
d_213ens_1TYRTYRH323
d_214ens_1LYSLEUH325 - 327
d_215ens_1GLYSERH329 - 378
d_216ens_1THRGLYH382 - 383
d_217ens_1VALGLUH385 - 453
d_218ens_1ARGLYSH455 - 456
d_219ens_1THRASPH458 - 459
d_220ens_1LEUALAH461 - 476
d_221ens_1GLYALAH478 - 484
d_222ens_1SERLEUH486 - 487
d_223ens_1ALALEUH489 - 514
d_224ens_1ALAALAH516
d_225ens_1VALLYSH518 - 546
d_226ens_1ASNARGH556 - 557
d_227ens_1ILELYSH559 - 568
d_228ens_1METGLYH570 - 571
d_229ens_1PROLEUH573 - 602
d_230ens_1GLYSERH604 - 637
d_231ens_1PROLYSH639 - 680
d_232ens_1VALPHEH682 - 685

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.599826139011, -0.0143116736248, -0.800002361845), (-0.00286424130667, -0.999872020832, 0.0157396975623), (-0.800125239622, -0.00714968220778, -0.599790365848) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.599826139011, -0.0143116736248, -0.800002361845), (-0.00286424130667, -0.999872020832, 0.0157396975623), (-0.800125239622, -0.00714968220778, -0.599790365848)
ベクター: -23.9447627559, 43.8744260592, -47.7646667257)

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要素

#1: タンパク質 K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump / Membrane-bound sodium-translocating pyrophosphatase / Pyrophosphate-energized inorganic ...Membrane-bound sodium-translocating pyrophosphatase / Pyrophosphate-energized inorganic pyrophosphatase / Na(+)-PPase / Tm-PPase


分子量: 78217.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: hppA, TM_0174 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9S5X0, EC: 7.2.3.-
#2: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 60 mM Tris-HCl pH 8.0, 26% v/v PEG400, 175 mM KCl, 2.4 mM MgCl2, 2 mM K4PPi, 20 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.84→100.4 Å / Num. obs: 13078 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 210.39 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.84→4.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.779 / Num. unique obs: 654 / CC1/2: 0.646

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lzq, D_1292125586

5lzq


解像度: 3.84→100.4 Å / SU ML: 0.8303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 58.2981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3634 663 5.08 %
Rwork0.3342 12397 -
obs0.3357 13060 73.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 249.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.84→100.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10029 0 13 1 10043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003410287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725414056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04441712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.30761460
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.36969618145 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.84-4.130.3851310.3951433X-RAY DIFFRACTION13.22
4.13-4.550.42691220.38172046X-RAY DIFFRACTION61.75
4.55-5.210.3381510.37353142X-RAY DIFFRACTION93.13
5.21-6.560.42941740.42353385X-RAY DIFFRACTION99.97
6.56-100.40.34431850.29913391X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7363324533190.109994540102-0.3668854061250.5459568066580.39628232822-0.029598542541-0.124542115589-0.537579400635-0.676381580910.6303575476560.1974433430761.111284830061.36720005547-0.8118105814292.22403092823.55754001637-1.54041393110.865175054351.925624601021.338485609612.270788933014.538694400273.1073975082-5.30626226106
24.09412293828-2.186802675491.746403238191.37472721797-0.65527905332.4711017031-0.883611330536-2.81885705354-1.568483070051.993657708951.482707370190.9741275801420.285976997934-1.848434388362.6600450023-0.4647379013430.0802330315971.52523634030.593717579615-0.109217726482-0.04734602950798.0982483727521.4481108746-9.87948656405
31.45218037019-0.8089688547281.159514198364.254527825371.250830515615.04406521293-0.396387534965-0.971689787345-1.044195769882.736531758610.01505264382861.219321798921.73262446123-2.42241996597-4.37492422641.480987441010.2325398418790.300168081010.004903033179361.077142932610.968997296556-2.4915105206812.0497031369-16.5499578533
42.971861732840.4704124144471.251215153510.5435986539660.790103183651.306775156430.30658240809-0.9578669066610.837683919795-0.188065565480.4282175854020.664157407152-0.08070737103250.4885066248161.692973691050.9308296813920.2892915218080.06804554397440.685882737691-0.07595181526041.88526997197-7.682495743317.5492964694-17.5282977482
50.5164892670980.00372691676173-0.1549131095691.171349592891.755321891062.3873806901-0.8233490277250.245579557123-0.0436787319329-0.6109387341860.1052909225541.37443667853-0.9641358100490.457290095175-1.347682289381.121561399030.73399601606-0.1467503023770.7745785321850.1451571229551.50533898412-15.890629133535.9855717319-49.3747948389
61.14018159557-0.907346343217-0.3641788792831.06962923310.3437767908590.544265199891-1.4305640756-0.183752143908-1.48225909146-0.3950672265940.1636302323692.008341563230.691325853105-1.18280971389-6.510463143040.900324023763-0.2209436421171.09389615460.474071314962.156311275730.910629373462-14.830860228919.1385342014-43.2414957781
70.3836279826021.09174042226-0.7837252029793.05867950134-2.197856887781.451223985240.9910975367050.7539354590740.3848970440041.857466253550.6296638445781.96739295408-0.301334624297-0.3729531059227.950577089931.052396327350.1431316686290.3556523769271.77711883052-0.9988152881871.48095951664-0.57007405960631.6103568434-30.5853035621
82.933693159993.44664870738-0.4381104072198.53911463694-3.05615002991.644587747681.28845935754-1.177410299251.78372946580.639279236893-0.04995972717113.33686102936-1.53690962825-1.38032165991.404710214693.629089049731.0097544338-0.4968525171911.88306065118-0.3251488835621.84264737504-14.279425505743.6763004681-28.4929418798
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 210 )AA2 - 2101 - 209
22chain 'A' and (resid 211 through 447 )AA211 - 447210 - 444
33chain 'A' and (resid 448 through 630 )AA448 - 630445 - 606
44chain 'A' and (resid 631 through 726 )AA631 - 726607 - 702
55chain 'B' and (resid 8 through 346 )BH8 - 3461 - 326
66chain 'B' and (resid 347 through 520 )BH347 - 520327 - 494
77chain 'B' and (resid 521 through 577 )BH521 - 577495 - 551
88chain 'B' and (resid 578 through 630 )BH578 - 630552 - 589
99chain 'B' and (resid 631 through 726 )BH631 - 726590 - 685

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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