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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b11 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of carboxysomal mini-shell: icosahedral assembly from CsoS4A/1A and CsoS2 co-expression (T = 4) | |||||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / carboxysome / shell / icosahedral symmetry | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||
![]() | Ni, T. / Jiang, Q. / Liu, L.N. / Zhang, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Intrinsically disordered CsoS2 acts as a general molecular thread for α-carboxysome shell assembly. 著者: Tao Ni / Qiuyao Jiang / Pei Cing Ng / Juan Shen / Hao Dou / Yanan Zhu / Julika Radecke / Gregory F Dykes / Fang Huang / Lu-Ning Liu / Peijun Zhang / ![]() ![]() 要旨: Carboxysomes are a paradigm of self-assembling proteinaceous organelles found in nature, offering compartmentalisation of enzymes and pathways to enhance carbon fixation. In α-carboxysomes, the ...Carboxysomes are a paradigm of self-assembling proteinaceous organelles found in nature, offering compartmentalisation of enzymes and pathways to enhance carbon fixation. In α-carboxysomes, the disordered linker protein CsoS2 plays an essential role in carboxysome assembly and Rubisco encapsulation. Its mechanism of action, however, is not fully understood. Here we synthetically engineer α-carboxysome shells using minimal shell components and determine cryoEM structures of these to decipher the principle of shell assembly and encapsulation. The structures reveal that the intrinsically disordered CsoS2 C-terminus is well-structured and acts as a universal "molecular thread" stitching through multiple shell protein interfaces. We further uncover in CsoS2 a highly conserved repetitive key interaction motif, [IV]TG, which is critical to the shell assembly and architecture. Our study provides a general mechanism for the CsoS2-governed carboxysome shell assembly and cargo encapsulation and further advances synthetic engineering of carboxysomes for diverse biotechnological applications. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15799MC ![]() 8b0yC ![]() 8b12C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8900.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: csoS4A, orfA, Hneap_0918 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 9973.478 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: csoS1A, csoS1, Hneap_0915 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: mini-shell assembly from Halothiobacillus neapolitanus with CsoS4A/1A and CsoS2 co-expression (T= 4) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13515 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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