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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b0v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of C-terminal domain of Pseudomonas aeruginosa LexA G91D mutant | ||||||
要素 | LexA repressorRepressor lexA | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcriptional regulator / serine-lysine protease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 repressor LexA / SOS response / DNA複製 / serine-type endopeptidase activity / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / タンパク質分解 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Vascon, F. / De Felice, S. / Chinellato, M. / Maso, L. / Cendron, L. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural investigations on the SOS response in Pseudomonas aeruginosa 著者: Vascon, F. / De Felice, S. / Gasparotto, M. / Huber, S.T. / Catalano, C. / Chinellato, M. / Grinzato, A. / Filippini, F. / Maso, L. / Jakobi, A. / Cendron, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b0v.cif.gz | 64.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b0v.ent.gz | 46.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1jhfS 15038 7zzm S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13849.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lexA, PA3007 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37452, repressor LexA #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M MES pH 6.0, 20%w/v PEG 6000, 2.5 mM Tb-Xo4 (Crystallophore 1) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→38.92 Å / Num. obs: 25087 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.072 / Num. unique obs: 1331 / CC1/2: 0.721 / % possible all: 99.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JHF 解像度: 1.7→38.92 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 88.53 Å2 / Biso mean: 33.6902 Å2 / Biso min: 16.91 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.92 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å /
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