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- PDB-8b0u: Structure of the CalpL/T10 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b0u
タイトルStructure of the CalpL/T10 complex
要素
  • CalpT10
  • SAVED domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Protease / CRISPR type III / cOA / cA4 / peptide binding protein
機能・相同性SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / membrane / DUF4388 domain-containing protein / SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfurihydrogenibium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Schneberger, N. / Hagelueken, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HA 6805/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Antiviral signalling by a cyclic nucleotide activated CRISPR protease.
著者: Rouillon, C. / Schneberger, N. / Chi, H. / Blumenstock, K. / Da Vela, S. / Ackermann, K. / Moecking, J. / Peter, M.F. / Boenigk, W. / Seifert, R. / Bode, B.E. / Schmid-Burgk, J.L. / Svergun, ...著者: Rouillon, C. / Schneberger, N. / Chi, H. / Blumenstock, K. / Da Vela, S. / Ackermann, K. / Moecking, J. / Peter, M.F. / Boenigk, W. / Seifert, R. / Bode, B.E. / Schmid-Burgk, J.L. / Svergun, D. / Geyer, M. / White, M.F. / Hagelueken, G.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAVED domain-containing protein
D: CalpT10
B: SAVED domain-containing protein
C: CalpT10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,99613
ポリマ－133,1394
非ポリマー8579
水362
1
A: SAVED domain-containing protein
D: CalpT10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1388
ポリマ－66,5702
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SAVED domain-containing protein
C: CalpT10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8585
ポリマ－66,5702
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.754, 96.598, 131.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SAVED domain-containing protein


分子量: 57813.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CalpL protease
由来: (組換発現) Sulfurihydrogenibium (バクテリア)
株: YO3AOP1 / 遺伝子: SYO3AOP1_0656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2V8L9
#2: タンパク質 CalpT10


分子量: 8755.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is the C-terminal fragment of CalpT that remains after cleavage by CalpL
由来: (組換発現) Sulfurihydrogenibium (バクテリア)
株: YO3AOP1 / 遺伝子: SYO3AOP1_0655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2V8L8
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M ammonium cacodylate, 0.2 M NaCl at pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→49.31 Å / Num. obs: 33777 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.92
反射 シェル解像度: 3.29→3.408 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 3321 / CC1/2: 0.467 / % possible all: 99.34

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解析

ソフトウェア名称: PHASER / 分類: 位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QDA

7qda


解像度: 3.29→49.31 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 1998 5.92 %
Rwork0.195 --
obs0.197 33758 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9392 0 47 2 9441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53312950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3633682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.370.34581400.31842236X-RAY DIFFRACTION99
3.37-3.460.36561430.30152266X-RAY DIFFRACTION99
3.46-3.570.36381410.27622236X-RAY DIFFRACTION99
3.57-3.680.31391400.26222221X-RAY DIFFRACTION98
3.68-3.810.29541400.24142240X-RAY DIFFRACTION99
3.81-3.960.2761440.23322279X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.140.25361440.19972290X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.360.23341420.17412267X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.640.20811450.1632282X-RAY DIFFRACTION100
4.64-4.990.19541430.16322279X-RAY DIFFRACTION99
4.99-5.50.21891400.17232237X-RAY DIFFRACTION98
5.5-6.290.26261460.19062305X-RAY DIFFRACTION100
6.29-7.920.21931430.19492282X-RAY DIFFRACTION99
7.92-49.310.1571470.16562340X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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