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- PDB-8b0q: Deinococcus radiodurans UvrC C-terminal half -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b0q
タイトルDeinococcus radiodurans UvrC C-terminal half
要素UvrABC system protein C
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / Nucleotide Excision Repair / Bacteria / UvrC
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / DNA damage response / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrC Ribonuclease H-like domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrABC system, subunit C / UvrC, RNAse H endonuclease domain superfamily / : / : / UvrC RNAse H endonuclease domain / UvrC family, homology region profile. / GIY-YIG type nucleases (URI domain) ...UvrC Ribonuclease H-like domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrABC system, subunit C / UvrC, RNAse H endonuclease domain superfamily / : / : / UvrC RNAse H endonuclease domain / UvrC family, homology region profile. / GIY-YIG type nucleases (URI domain) / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease superfamily / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UVR domain / UVR domain profile. / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Timmins, J. / Stelter, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other government フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional insights into the activation of the dual incision activity of UvrC, a key player in bacterial NER.
著者: Seck, A. / De Bonis, S. / Stelter, M. / Okvist, M. / Senarisoy, M. / Hayek, M.R. / Le Roy, A. / Martin, L. / Saint-Pierre, C. / Silveira, C.M. / Gasparutto, D. / Todorovic, S. / Ravanat, J.L. / Timmins, J.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0651
ポリマ－28,0651
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.432, 40.807, 59.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein C / Protein UvrC / Excinuclease ABC subunit C


分子量: 28065.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: uvrC, DR_1354 / プラスミド: pET151d-Topo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RUN0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24-26% PEG 5000 MME or PEG 3350 and 0.1M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.305
11h,-k,-l20.695
反射解像度: 1.8→40.81 Å / Num. obs: 22631 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 89441
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.93.70.311162231800.1860.364498.2
5.69-40.813.80.03829087640.0220.04426.398.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0085精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2nrt

2nrt


解像度: 1.8→40.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.721 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 1157 5.1 %RANDOM
Rwork0.1661 ---
obs0.1682 21462 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.86 Å2 / Biso mean: 25.433 Å2 / Biso min: 10.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.8 Å20 Å24.63 Å2
2---11.72 Å20 Å2
3----14.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 0 109 1991
Biso mean---30.19 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.9722584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3775237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08222.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56315325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3931522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211463
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 84 -
Rwork0.301 1477 -
obs--94.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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