PDB-8b0c: Crystal structure of human heparanase in complex with covalent in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b0c

タイトル

Crystal structure of human heparanase in complex with covalent inhibitor VB158

要素

Heparanase 50 kDa subunit
Heparanase 8 kDa subunit

キーワード

HYDROLASE / Heparanase

機能・相同性

機能・相同性情報

heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / syndecan binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Davies, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: 4-O-Substituted Glucuronic Cyclophellitols are Selective Mechanism-Based Heparanase Inhibitors.
著者: Borlandelli, V. / Armstrong, Z. / Nin-Hill, A. / Codee, J.D.C. / Raich, L. / Artola, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.

履歴

登録	2022年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b0c.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b0c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b0bC 8b0dC 8b0eC 5e8mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Heparanase 50 kDa subunit

BBB: Heparanase 8 kDa subunit

ヘテロ分子

52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.976, 71.441, 78.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.450, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Heparanase 50 kDa subunit

分子量: 43334.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

#2: タンパク質

Heparanase 8 kDa subunit

分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-OV3 / (1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-3,4,6-tris(oxidanyl)-2-[2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]ethoxy]cyclohexane-1-carboxylic acid

分子量: 331.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆F₃NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→52.71 Å / Num. obs: 29584 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2411 / CC_1/2: 0.592

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5e8m

5e8m

解像度: 2.1→52.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.236 / WR_factor R_work: 0.182 / SU B: 7.793 / SU ML: 0.194 / Average fsc free: 0.8387 / Average fsc work: 0.8667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	1439	4.867 %
R_work	0.2015	28129	-
all	0.204	-	-
obs	-	29568	99.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.149 Å²	-0 Å²	2.116 Å²
2-	-	-2.335 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.214 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→52.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3610	0	64	68	3742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3783
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.657	5143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.59	8190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.72	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.842	21.833	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.471	15	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.176	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	806
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.281	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.077	4.888	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.075	4.888	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.576	7.325	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.576	7.325	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.392	5.271	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.394	5.27	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.387	7.748	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.388	7.748	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.984	56.459	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.987	56.495	4043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.281	100	0.301	2052	X-RAY DIFFRACTION	99.8145
2.154-2.213	0.32	97	0.284	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.278	0.304	112	0.264	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.322	124	0.264	1906	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
2.348-2.424	0.269	115	0.247	1843	X-RAY DIFFRACTION	99.898
2.424-2.509	0.293	94	0.238	1759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.604	0.306	92	0.238	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.71	0.366	82	0.218	1687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.831	0.288	77	0.202	1583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.969	0.326	74	0.215	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.129	0.311	66	0.215	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.9352
3.129-3.318	0.317	59	0.225	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.547	0.259	62	0.219	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.831	0.26	57	0.211	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.831-4.195	0.215	54	0.183	1123	X-RAY DIFFRACTION	100
4.195-4.689	0.181	41	0.145	1011	X-RAY DIFFRACTION	99.8102
4.689-5.411	0.193	26	0.142	908	X-RAY DIFFRACTION	100
5.411-6.619	0.269	54	0.171	759	X-RAY DIFFRACTION	100
6.619-9.327	0.238	32	0.162	583	X-RAY DIFFRACTION	100
9.327-52.71	0.192	21	0.168	339	X-RAY DIFFRACTION	99.4475

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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