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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b01 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in a nanodisc | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / TRAP / elevator / secondary transporter / sialic acid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photobacterium profundum SS9 (バクテリア) Helicobacter pylori (ピロリ菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Davies, J.S. / North, R.A. / Dobson, R.C.J. | |||||||||
資金援助 | ニュージーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and mechanism of a tripartite ATP-independent periplasmic TRAP transporter. 著者: James S Davies / Michael J Currie / Rachel A North / Mariafrancesca Scalise / Joshua D Wright / Jack M Copping / Daniela M Remus / Ashutosh Gulati / Dustin R Morado / Sam A Jamieson / Michael ...著者: James S Davies / Michael J Currie / Rachel A North / Mariafrancesca Scalise / Joshua D Wright / Jack M Copping / Daniela M Remus / Ashutosh Gulati / Dustin R Morado / Sam A Jamieson / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Subramanian Ramaswamy / Rosmarie Friemann / Soichi Wakatsuki / Jane R Allison / Cesare Indiveri / David Drew / Peter D Mace / Renwick C J Dobson / 要旨: In bacteria and archaea, tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters uptake essential nutrients. TRAP transporters receive their substrates via a secreted soluble substrate-binding ...In bacteria and archaea, tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters uptake essential nutrients. TRAP transporters receive their substrates via a secreted soluble substrate-binding protein. How a sodium ion-driven secondary active transporter is strictly coupled to a substrate-binding protein is poorly understood. Here we report the cryo-EM structure of the sialic acid TRAP transporter SiaQM from Photobacterium profundum at 2.97 Å resolution. SiaM comprises a "transport" domain and a "scaffold" domain, with the transport domain consisting of helical hairpins as seen in the sodium ion-coupled elevator transporter VcINDY. The SiaQ protein forms intimate contacts with SiaM to extend the size of the scaffold domain, suggesting that TRAP transporters may operate as monomers, rather than the typically observed oligomers for elevator-type transporters. We identify the Na and sialic acid binding sites in SiaM and demonstrate a strict dependence on the substrate-binding protein SiaP for uptake. We report the SiaP crystal structure that, together with docking studies, suggest the molecular basis for how sialic acid is delivered to the SiaQM transporter complex. We thus propose a model for substrate transport by TRAP proteins, which we describe herein as an 'elevator-with-an-operator' mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b01.cif.gz | 152.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b01.ent.gz | 117 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b01_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b01_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8b01_validation.xml.gz | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b01_validation.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b01 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19748.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photobacterium profundum SS9 (バクテリア) 株: SS9 / 遺伝子: VC1778, PBPRA2280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LPW0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 45573.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photobacterium profundum SS9 (バクテリア) 株: SS9 / 遺伝子: SMB20297, PBPRA2279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LPW1 |
-抗体 , 1種, 1分子 C
#3: 抗体 | 分子量: 54867.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌), (組換発現) synthetic construct (人工物) 株: G27 / 遺伝子: hopQ, HPG27_1120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z8H1 |
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-非ポリマー , 7種, 15分子
#4: 化合物 | ChemComp-OCT / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-TWT / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-TRD / | #10: 化合物 | ChemComp-HEX / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 70.9 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8127 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 499085 / 対称性のタイプ: POINT |