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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8azy | ||||||
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タイトル | KRAS-G12D in complex with BI-2865 | ||||||
要素 | GTPase KRas | ||||||
キーワード | ONCOPROTEIN (がん遺伝子) / Inhibitor / Complex / GTPase (GTPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / glial cell proliferation / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / visual learning / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / Signaling by RAF1 mutants / GDP binding / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Ca2+ pathway / 遺伝子発現 / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / ゴルジ体 / focal adhesion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å | ||||||
データ登録者 | Boettcher, J. / Herdeis, L. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Pan-KRAS inhibitor disables oncogenic signalling and tumour growth. 著者: Kim, D. / Herdeis, L. / Rudolph, D. / Zhao, Y. / Bottcher, J. / Vides, A. / Ayala-Santos, C.I. / Pourfarjam, Y. / Cuevas-Navarro, A. / Xue, J.Y. / Mantoulidis, A. / Broker, J. / Wunberg, T. / ...著者: Kim, D. / Herdeis, L. / Rudolph, D. / Zhao, Y. / Bottcher, J. / Vides, A. / Ayala-Santos, C.I. / Pourfarjam, Y. / Cuevas-Navarro, A. / Xue, J.Y. / Mantoulidis, A. / Broker, J. / Wunberg, T. / Schaaf, O. / Popow, J. / Wolkerstorfer, B. / Kropatsch, K.G. / Qu, R. / de Stanchina, E. / Sang, B. / Li, C. / McConnell, D.B. / Kraut, N. / Lito, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8azy.cif.gz | 153.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8azy.ent.gz | 100.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8azy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/8azy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/8azy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19370.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116 |
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-非ポリマー , 5種, 227分子
#2: 化合物 | ChemComp-GDP / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-OFU / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000004 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.09→36.762 Å / Num. obs: 57094 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 12.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.094→1.206 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.192 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2856 / Rsym value: 1.192 / % possible all: 75.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8AFB 解像度: 1.09→36.76 Å / SU ML: 0.0899 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1122 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.09→36.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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