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- PDB-8azf: Crystal structure of K449E variant of S-adenosyl-L-homocysteine h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8azf
タイトルCrystal structure of K449E variant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa in complex with adenosine
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Arning, A. / Malecki, P. / Wozniak, K. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA BIS 2018/30/E/NZ1/00729 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of K449E variant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa in complex with adenosine
著者: Arning, A. / Malecki, P. / Wozniak, K. / Brzezinski, K.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,59910
ポリマ－103,4702
非ポリマー2,1298
水28,9501607
1
A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,19920
ポリマ－206,9404
非ポリマー4,25916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area30680 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area56460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.881, 85.916, 111.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-791-

HOH

21C-1168-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 51734.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: LESB58 / 遺伝子: ahcY, PLES_04301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: B7V419, adenosylhomocysteinase

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非ポリマー , 5種, 1615分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 16% PEG 8000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→67.13 Å / Num. obs: 215913 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.614 % / Biso Wilson estimate: 26.146 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.817 / Net I/σ(I): 9.26 / Num. measured all: 996193
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.41-1.54.6112.1210.8215814035462342990.3022.39896.7
1.5-1.64.6140.9941.815103133288327350.6511.12598.3
1.6-1.734.5890.4933.2613980830990304680.8750.55898.3
1.73-1.894.5320.2445.7112738128581281080.9640.27798.3
1.89-2.124.7010.12710.5711998125881255230.9890.14398.6
2.12-2.444.70.08415.7410581322837225140.9940.09598.6
2.44-2.994.60.06519.868783819391190940.9960.07398.5
2.99-4.234.5750.04726.726819315012149040.9970.05399.3
4.23-67.134.5970.04530.2538008841782680.9970.05198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6f3p

6f3p


解像度: 1.41→67.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.567 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 1153 0.6 %RANDOM
Rwork0.1669 ---
obs0.1673 186719 85.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.82 Å2 / Biso mean: 16.762 Å2 / Biso min: 6.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.49 Å2-0 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.41→67.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7096 0 138 1709 8943
Biso mean--14.34 27.16 -
残基数----920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0137693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.6410449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5281.58816977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1355986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01923.519378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.491151374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7691540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021675
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.37315040
LS精密化 シェル解像度: 1.411→1.448 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 22 -
Rwork0.369 3347 -
all-3369 -
obs--20.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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