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- PDB-8aze: Small molecule stabilizer for ERalpha and 14-3-3 (1075306) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aze
タイトルSmall molecule stabilizer for ERalpha and 14-3-3 (1075306)
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • ERalpha peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / ERalpha / stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O5I / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E.M.F. / Sheng, C. / Jaishankar, P. / Overmans, M.J.A.M. / Dutta, S. / Neitz, J. / Renslo, A. / Ottmann, C. ...Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E.M.F. / Sheng, C. / Jaishankar, P. / Overmans, M.J.A.M. / Dutta, S. / Neitz, J. / Renslo, A. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Optimization of Covalent, Small-Molecule Stabilizers of the 14-3-3 sigma /ER alpha Protein-Protein Interaction from Nonselective Fragments.
著者: Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E. / Chen, S. / Jaishankar, P. / Overmans, M. / Dutta, S. / Neitz, R.J. / Renslo, A.R. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: ERalpha peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6426
ポリマ－27,1572
非ポリマー4854
水5,224290
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: ERalpha peptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: ERalpha peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,28412
ポリマ－54,3134
非ポリマー9718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.846, 111.849, 62.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド ERalpha peptide


分子量: 613.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-O5I / 2-chloranyl-~{N}-[[1-[1-[(4-chlorophenyl)amino]cyclopentyl]carbonylpiperidin-4-yl]methyl]ethanamide


分子量: 412.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27Cl2N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 35% (v/v) 2-Ethoxyethanol, 100 mM Imidazole/ Hydrochloric acid pH 8.0, 50 mM Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.32 Å / Num. obs: 37965 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 3725 / CC1/2: 0.968

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.6→45.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.324 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2013 1852 4.9 %RANDOM
Rwork0.16706 ---
obs0.16878 36144 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 0 29 290 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0171954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.8992630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2472.7034285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8675239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52722.642106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89915360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9531513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.0731.48962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.0731.479961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.4152.1951199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.4132.1951200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.2971.929992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.2911.929993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.6962.6171432
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.23218.6172438
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.3117.9292356
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 110 -
Rwork0.173 2610 -
obs--97.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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