PDB-8ayv: Crystal structure of the Malonyl-ACP Decarboxylase MadB from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ayv

タイトル

Crystal structure of the Malonyl-ACP Decarboxylase MadB from Pseudomonas putida

要素

YiiD_C domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / MadB / fatty acid biosynthesis / malonyl-CoA

機能・相同性

Thioesterase, putative / Putative thioesterase (yiiD_Cterm) / HotDog domain superfamily / YiiD_C domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.044 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Metab Eng / 年: 2023
タイトル: Initiation of fatty acid biosynthesis in Pseudomonas putida KT2440.
著者: McNaught, K.J. / Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Prates, E.T. / Shao, H. / Bentley, G.J. / Pickford, A.R. / Gruber, J.N. / Hestmark, K.V. / Jacobson, D.A. / Poirier, B.C. / Ling, C. / San Marchi, M. ...

履歴

登録	2022年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ayv.cif.gz	241.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ayv.ent.gz	189.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ayv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ayv_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ayv_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	8ayv_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	8ayv_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ayv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ayv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YiiD_C domain-containing protein

B: YiiD_C domain-containing protein

34.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.739, 58.282, 57.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.427, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 3 - 150 / Label seq-ID: 3 - 150

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	YiiD_C domain-containing protein 分子量: 17036.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: PP_0262 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88R72
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M SPG buffer at pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.044→56.875 Å / Num. obs: 101763 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.044→1.107 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5089 / CC_1/2: 0.626 / R_pim(I) all: 0.46 / % possible all: 53.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.044→56.875 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.989 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1512	5034	4.947 %
R_work	0.1223	96729	-
all	0.124	-	-
obs	-	101763	84.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.153 Å²	-0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	0.129 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.044→56.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2376	0	0	391	2767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.008	1.639	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.619	1.575	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.651	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.626	20.805	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.242	15	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.367	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.182	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.592	1.301	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.589	1.298	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.663	1.955	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.662	1.959	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.229	1.732	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.226	1.734	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.829	2.454	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.82	2.456	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.829	18.12	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.595	17.024	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.94	3	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.149	0.05	4624

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14867	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14867	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.044-1.071	0.322	59	0.27	1147	0.272	8772	0.727	0.783	13.7483	0.27
1.071-1.1	0.227	162	0.251	2920	0.249	8658	0.834	0.824	35.5971	0.244
1.1-1.132	0.238	216	0.22	4630	0.22	8351	0.873	0.879	58.029	0.202
1.132-1.167	0.202	347	0.189	6629	0.189	8142	0.912	0.916	85.6792	0.17
1.167-1.205	0.189	387	0.168	7313	0.169	7861	0.931	0.937	97.9519	0.144
1.205-1.248	0.18	381	0.15	7243	0.152	7627	0.943	0.949	99.9607	0.127
1.248-1.295	0.164	401	0.138	7014	0.139	7415	0.952	0.958	100	0.115
1.295-1.348	0.171	333	0.119	6718	0.121	7052	0.959	0.968	99.9858	0.1
1.348-1.407	0.155	345	0.112	6433	0.114	6779	0.965	0.972	99.9852	0.094
1.407-1.476	0.133	337	0.097	6140	0.099	6481	0.975	0.98	99.9383	0.083
1.476-1.556	0.133	286	0.09	5923	0.092	6212	0.976	0.983	99.9517	0.079
1.556-1.65	0.132	255	0.087	5589	0.089	5846	0.979	0.983	99.9658	0.078
1.65-1.764	0.142	260	0.091	5264	0.093	5525	0.974	0.982	99.9819	0.084
1.764-1.905	0.139	253	0.095	4879	0.097	5132	0.977	0.985	100	0.089
1.905-2.087	0.138	246	0.106	4460	0.107	4706	0.979	0.984	100	0.103
2.087-2.333	0.128	217	0.111	4087	0.112	4304	0.981	0.982	100	0.112
2.333-2.693	0.141	166	0.114	3612	0.115	3779	0.977	0.979	99.9735	0.121
2.693-3.296	0.136	156	0.123	3048	0.123	3208	0.977	0.979	99.8753	0.137
3.296-4.654	0.143	137	0.124	2369	0.125	2506	0.978	0.981	100	0.15
4.654-56.875	0.208	90	0.189	1312	0.19	1415	0.962	0.967	99.0813	0.236

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