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- PDB-8ayq: NaK C-DI mutant with Rb+ and Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayq
タイトルNaK C-DI mutant with Rb+ and Ca2+
要素Potassium channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / PROKARYOTE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RUBIDIUM ION / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Minniberger, S. / Plested, A.J.R.
資金援助European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)647895European Union
German Research Foundation (DFG)291198853 ドイツ
German Research Foundation (DFG)323514590 ドイツ
German Research Foundation (DFG)446182550 ドイツ
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023
タイトル: Mechanism of Calcium Permeation in a Glutamate Receptor Ion Channel.
著者: Schackert, F.K. / Biedermann, J. / Abdolvand, S. / Minniberger, S. / Song, C. / Plested, A.J.R. / Carloni, P. / Sun, H.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
C: Potassium channel protein
D: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,64332
ポリマ－42,9434
非ポリマー2,70028
水66737
1
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26740
ポリマ－42,9434
非ポリマー3,32436
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area15140 Å2
ΔGint-411 kcal/mol
Surface area17480 Å2
2
D: Potassium channel protein
ヘテロ分子

D: Potassium channel protein
ヘテロ分子

C: Potassium channel protein
ヘテロ分子

C: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,01924
ポリマ－42,9434
非ポリマー2,07620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area11420 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area17850 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.570, 175.508, 67.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

RB

21A-202-

RB

31A-203-

CA

41A-204-

CA

51B-201-

CA

61C-201-

RB

71C-202-

RB

81D-201-

CA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Potassium channel protein


分子量: 10735.706 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_0669 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEBExpress Iq / 参照: UniProt: Q81HW2

-
非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES (NaOH), 40% v/v MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol racemate)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.815 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→33.78 Å / Num. obs: 18778 / % possible obs: 96.02 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 70.58 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.1319 / Net I/σ(I): 4.12
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 984 / CC1/2: 0.397 / CC star: 0.754 / Rpim(I) all: 0.8742 / % possible all: 92.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+86 / 解像度: 2.75→33.78 Å / SU ML: 0.6429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 41.4701
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3004 927 4.95 %
Rwork0.2552 17805 -
obs0.2576 18732 93.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→33.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 154 37 3083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00753084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16074222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.213404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.90.42871310.41612490X-RAY DIFFRACTION91.1
2.9-3.080.45981370.37452633X-RAY DIFFRACTION96.05
3.08-3.310.35151310.33422543X-RAY DIFFRACTION94.39
3.32-3.650.35531310.31542483X-RAY DIFFRACTION91.02
3.65-4.170.32071370.23242616X-RAY DIFFRACTION95.36
4.18-5.260.2571350.19862536X-RAY DIFFRACTION92.81
5.26-33.780.23611250.21832504X-RAY DIFFRACTION91.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92152950984-1.78946216489-1.062157762811.151079150220.3026710909613.736561925760.0754753562362-0.510459595936-0.3016954504360.136947557784-0.329965349659-1.495246095990.000517210195920.0797392191379-0.0003638339027530.6145188711170.02237165248510.003833860211320.690962861495-0.1537756191620.759475667468-4.25353211958-18.63894399911.92806895069
20.834827799935-0.2128847058680.1169388457211.121932250410.7661105448953.723972473760.06768472706870.0224142831958-0.2198062769810.269091681289-0.246021413488-0.208510007303-0.187868446883-0.183588586325-1.65104741073E-50.567774609741-0.0005013810314350.007856698331260.84978897971-0.06996379067150.668214504383-4.98760263443-25.4378164367-6.62517848451
31.978198878530.9893832281380.04711764503220.931625304499-1.077558398392.17894444904-0.5671596708530.3179979634520.334388707649-0.06984298069140.5698078968950.272316666486-0.4339468618930.630839384215-0.0004170936355310.7428654710790.131753702485-0.157802128471.032320631280.02042574878370.809400964723-18.8734586725-19.3532341889-21.2989822064
40.386677519957-0.382792632559-0.01947732404150.2703202589320.01892124888870.118924219209-0.01674624652010.644178489084-0.102941791179-0.2666979293810.9907312969360.1813994695640.0636158307420.9071585952380.001398610714550.6398876039070.00956362244087-0.07251408832580.627078309559-0.02988091101240.694005954382-14.5705385787-32.0029589832-18.7755124393
54.566955880361.892604230750.399054018540.6466964489880.4784196982093.49190901282-0.246743858732-0.08915131911840.3671589472960.1203772742190.1873170835950.2669114718690.5494687748610.231324004655-0.0001894429255280.5610917699030.0473194358776-0.02147979793350.6851451345230.1117931533060.663859074985-8.74823768916-23.0417214675-22.6604273276
65.56937454836-1.71025360191-0.3211267697762.792495934541.31684111282.355037496720.0144271604432-0.431060309231-1.35118328471-0.1235858567220.7048469144110.3672035290851.934627835460.1137109749910.1488620503111.41970005132-0.255215873193-0.4390568421430.0711854722712-0.3755585742111.41143846549-12.0999554768-5.923784114661.16470412397
72.90618138094-1.50375759798-0.9563792692351.8604727111.696493769971.38547200224-0.7016274338051.09981669378-0.1196392196460.8767417343711.6076526416-0.468654613047-0.451155962559-0.5320284092930.0122529226320.773073917046-0.112235262384-0.02083921126331.10079318307-0.09496497141290.638676652793-21.6182316068-24.9286599099-35.7356018369
80.292297551323-0.01675413178210.2557101295150.0238400295163-0.0328630809670.169048589546-0.6444398492571.30572190948-0.196204882267-0.565545527370.516363527198-0.932913471393-0.9632194283680.402045213286-0.000366154425470.961260034557-0.173853002192-0.1125405006480.968953694383-0.2162439821790.807682288146-25.6311976059-11.7456484442-38.8261978953
90.201988286520.225997304508-0.06691256052750.400892836968-0.154035640437-0.002459138437890.7759741413330.1804808892730.4802173938461.81327624501-0.1737278704040.140502224704-1.43612357938-0.4558144560090.002044413310230.884492592302-0.1206862796590.2319574536910.936841365567-0.1885551216450.762896199106-26.7700625899-12.8719840262-46.8045233008
102.6945437767-0.837697373159-0.8796476718240.307245348978-0.770242539170.7183617988030.175531041133-0.193533633538-0.3424032474650.0544411012406-0.07042002811870.0670151172737-0.1192694369450.426677138403-0.0002209313224560.818239597291-0.1649557409160.05802548113770.706867578746-0.1512246224680.638467171147-29.5895218856-28.2014471724-40.6848895947
113.918857635932.60394024521-1.08431166152.496553552830.9350617909582.761831010370.410990066644-0.3155622118330.288079779978-0.00599950746899-0.1862216033560.109310931105-0.5768139881740.789349596526-0.0001461956194270.759874796096-0.2057037177990.06389717424270.758331067754-0.06702025598860.671679359716-19.7998460902-21.50643390026.38255006296
123.777507741460.59579552021-1.086419188651.616416100040.2039073568850.4199117661820.403836426902-1.382552383332.37061315109-0.6209858283220.4495525354490.0197153095667-0.3218266017440.2149063056510.9275461631141.08071094278-0.4335556696660.06002796373570.3534478768490.2547480010111.06683072443-30.1695738907-12.86862485829.77206240823
133.710727665021.0779662193-0.6421669820731.407071494391.758728938293.099988989610.4750051087180.1220603319980.219063303297-0.197757062191-0.4456938198190.324896863994-0.09639839025150.111423359488-0.0001672021589730.706677990535-0.1144443857120.09566883489760.659703212788-0.02144376806510.533753885131-28.3309027003-23.77191228026.46667301386
14-0.0788130640041-0.1047325820720.04446775848030.167263025635-0.05724857413230.1415567882980.9768520387431.66386974546-0.3401314694181.57820486982-0.01208771089890.725127146920.646558845192-0.5582052639750.009901586096660.9157970546370.162101724771-0.02011086751761.209553774830.02982573671440.611221956455-14.5289019648-37.482419084626.1691929042
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 45 )AA20 - 451 - 26
22chain 'A' and (resid 46 through 99 )AA46 - 9927 - 80
33chain 'B' and (resid 21 through 45 )BB21 - 451 - 25
44chain 'B' and (resid 46 through 59 )BB46 - 5926 - 39
55chain 'B' and (resid 60 through 99 )BB60 - 9940 - 79
66chain 'B' and (resid 100 through 112 )BB100 - 11280 - 92
77chain 'C' and (resid 20 through 45 )CC20 - 451 - 26
88chain 'C' and (resid 46 through 60 )CC46 - 6027 - 41
99chain 'C' and (resid 61 through 72 )CC61 - 7242 - 53
1010chain 'C' and (resid 73 through 112 )CC73 - 11254 - 93
1111chain 'D' and (resid 19 through 60 )DD19 - 601 - 42
1212chain 'D' and (resid 61 through 72 )DD61 - 7243 - 54
1313chain 'D' and (resid 73 through 99 )DD73 - 9955 - 81
1414chain 'D' and (resid 100 through 112 )DD100 - 11282 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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