PDB-8ay2: Crystal structure of the C-terminal part of rat Sec8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ay2

タイトル

Crystal structure of the C-terminal part of rat Sec8

要素

Exocyst complex component 4

キーワード

EXOCYTOSIS / exocyst / helical bundle / membrane trafficking / vesicle fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

Golgi to transport vesicle transport / Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle tethering involved in exocytosis / paraxial mesoderm formation / membrane biogenesis / exocyst / vesicle targeting / regulation of protein transport / growth cone membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dong, G. / Lesigang, J.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Front Cell Dev Biol / 年: 2023
タイトル: Sec8 specifically interacts with the PDZ2 domain of synapse associated protein 102 (SAP102).
著者: Korbula, K. / Hammerschmid, I. / Lesigang, J. / Dong, G.

履歴

登録	2022年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ay2.cif.gz	380.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ay2.ent.gz	262 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ay2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exocyst complex component 4

B: Exocyst complex component 4

96.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exocyst complex component 4

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exocyst complex component 4

登録者が定義した集合体
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.004, 190.004, 175.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Exocyst complex component 4 / Exocyst complex component Sec8 / rSec8 分子量: 48221.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Exoc4, Sec8, Sec8l1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62824
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 1.5-2M NaCl, 10-15% (v/v) PEG6000, 2mM MgCl2, 10mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97944 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.99 Å / Num. obs: 94874 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 14.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.54 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1335 / R_pim(I) all: 0.0355 / R_rim(I) all: 0.1382 / Net I/σ(I): 20.47
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 2815 / CC_1/2: 0.601

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.99 Å / SU ML: 0.2842 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 23.9882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	3839	4.05 %
R_work	0.1894	91035	-
obs	0.1904	94874	89.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6094	0	0	90	6184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	6185
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7462	8350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	973
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.2776	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.2863	88	0.3113	1819	X-RAY DIFFRACTION	48.61
2.53-2.56	0.3557	73	0.3141	1948	X-RAY DIFFRACTION	51.83
2.56-2.6	0.3248	79	0.3039	2132	X-RAY DIFFRACTION	56.69
2.6-2.64	0.3086	106	0.2982	2323	X-RAY DIFFRACTION	61.35
2.64-2.68	0.2925	134	0.2878	2507	X-RAY DIFFRACTION	66.84
2.68-2.72	0.3266	92	0.2772	2823	X-RAY DIFFRACTION	74.55
2.72-2.76	0.3422	121	0.2747	3092	X-RAY DIFFRACTION	83.22
2.76-2.81	0.2597	185	0.2614	3671	X-RAY DIFFRACTION	97.2
2.81-2.86	0.2981	146	0.2527	3669	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.86-2.92	0.2709	158	0.2384	3718	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.92-2.98	0.3054	161	0.2432	3681	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.98-3.04	0.2361	141	0.2393	3733	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.04-3.11	0.2663	168	0.2253	3688	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.11-3.19	0.2496	140	0.2143	3712	X-RAY DIFFRACTION	98.59
3.19-3.27	0.2842	161	0.2089	3780	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.27-3.37	0.2712	158	0.1977	3664	X-RAY DIFFRACTION	98.51
3.37-3.48	0.2142	163	0.1859	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.48-3.6	0.2028	154	0.1782	3727	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.6-3.74	0.1677	143	0.1607	3728	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.74-3.91	0.2199	154	0.1588	3768	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.91-4.12	0.1981	152	0.1536	3717	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.12-4.37	0.1857	156	0.1419	3714	X-RAY DIFFRACTION	99.1
4.37-4.71	0.1382	165	0.1381	3744	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.71-5.17	0.1958	166	0.1592	3743	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5.17-5.9	0.2124	158	0.2039	3738	X-RAY DIFFRACTION	99.46
5.91-7.38	0.2106	161	0.2174	3733	X-RAY DIFFRACTION	99.54
7.38-19.99	0.1614	156	0.1633	3747	X-RAY DIFFRACTION	99.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.85519803284	0.902598028542	-0.752649400739	0.903030553145	-0.569630038827	0.869690788745	0.102031901365	-0.189958169176	-0.0725497047524	0.284383019956	-0.135347144472	0.186618897809	-0.0300398860861	0.0008998262143	0.0665911580125	0.453582371346	-0.0490726189003	0.106553365939	0.382871924312	0.0419188678094	0.476852063493	35.9491669276	68.6525947114	55.431023373
2	1.44939921011	0.129012011343	-0.682088411063	1.6792830692	-0.247922337895	2.19582061527	0.0133916492186	0.127643869377	0.06709054697	-0.21394370217	0.000985888731828	-0.121138577121	-0.0150467425252	0.189031632619	-0.0168223743003	0.239787876483	-0.0320874423806	-0.0141167297397	0.26747196388	0.0602102142329	0.322264911538	58.9215343629	75.7774453844	31.9526312384
3	2.76366724234	-1.54927614688	1.78470549574	1.88271295589	-1.16915485905	4.20236596335	0.0827848165626	0.13406798915	0.33456083771	-0.171896740726	0.124131939804	-0.00125135064137	-0.390646887629	-0.575919133848	-0.186840849029	0.723531042232	0.0428895883551	0.0341731083398	0.630828072087	0.170297539955	0.485942891484	40.56861918	115.220690656	0.841113308342
4	3.62759279677	-1.862131875	1.09281054418	3.21434122657	-1.55300021692	3.92955065974	0.0807907883849	-0.216105318038	0.102223936113	-0.0640122556247	0.0343235838676	0.0926508240391	-0.392119579962	-0.429700510762	-0.145070567699	0.356532398996	-0.0900752701837	0.0394086614099	0.34048278797	0.0769999576262	0.360978518264	46.541638199	104.363543762	28.1637560169
5	0.547124368058	-0.45889049578	0.754050551952	1.53253774099	-0.554614310892	2.95795373957	-0.0695841322588	-0.094950006684	0.121810015282	-0.284605306262	0.144660084304	0.134493216738	-0.257083657379	-0.820985920825	-0.088543859307	0.518436280694	-0.018892148844	-0.0126384281065	0.532487455229	0.139858288994	0.395025304145	42.7383348025	110.670668139	15.3309818557
6	5.11960833941	-0.538560812464	1.93286126799	1.85058415567	0.660668304349	3.59471594444	-0.189211018427	0.191176499261	-0.0524340628239	0.098590235226	-0.214609158078	-0.80310734387	0.430694680431	0.3739822523	0.258664806616	0.48827052746	-0.0626374001818	0.0466022685493	0.259437762446	0.0349748080776	0.566032473096	66.8666547242	104.347616824	31.3387652684
7	2.40720925372	0.431127369585	0.503029550653	2.68934789047	0.109907771111	2.68124618781	0.0960962795691	-0.439865517028	0.154411894962	0.731375553361	-0.237278369402	-0.153983971921	-0.213206211576	-0.0333713847869	0.0503105655035	0.595426876498	-0.0970192604038	0.0200693728967	0.404435574639	-0.0284293939919	0.415636800521	57.8251022991	106.802661849	47.1644173177

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 557 through 754 )	A	A	557 - 754	1 - 187
2	2	chain 'A' and (resid 755 through 967 )	A	A	755 - 967	188 - 400
3	3	chain 'B' and (resid 556 through 628 )	B	B	556 - 628	1 - 73
4	4	chain 'B' and (resid 629 through 704 )	B	B	629 - 704	74 - 137
5	5	chain 'B' and (resid 705 through 794 )	B	B	705 - 794	138 - 206
6	6	chain 'B' and (resid 795 through 830 )	B	B	795 - 830	207 - 237
7	7	chain 'B' and (resid 831 through 967 )	B	B	831 - 967	238 - 367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)