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- PDB-8axu: Small molecule stabilizer for ERalpha and 14-3-3 (1075297) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8axu
タイトルSmall molecule stabilizer for ERalpha and 14-3-3 (1075297)
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen receptorエストロゲン受容体
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / ERalpha / stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / keratinocyte development / ケラチン / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / androgen metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / mammary gland alveolus development / establishment of skin barrier / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / : / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RHO GTPases activate PKNs / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / protein kinase A signaling / TBP-class protein binding / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / protein sequestering activity / ESR-mediated signaling / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / transcription corepressor binding / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of miRNA transcription / stem cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / transcription coregulator binding / 細胞分化 / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / SUMOylation of intracellular receptors / ユークロマチン / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling
類似検索 - 分子機能
エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6L / エストロゲン受容体 / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E.M.F. / Sheng, C. / Jaishankar, P. / Overmans, M.J.A.M. / Dutta, S. / Neitz, J. / Renslo, A. / Ottmann, C. ...Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E.M.F. / Sheng, C. / Jaishankar, P. / Overmans, M.J.A.M. / Dutta, S. / Neitz, J. / Renslo, A. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Optimization of Covalent, Small-Molecule Stabilizers of the 14-3-3 sigma /ER alpha Protein-Protein Interaction from Nonselective Fragments.
著者: Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E. / Chen, S. / Jaishankar, P. / Overmans, M. / Dutta, S. / Neitz, R.J. / Renslo, A.R. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6436
ポリマ－27,1572
非ポリマー4864
水4,720262
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,28612
ポリマ－54,3134
非ポリマー9738
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.318, 112.315, 62.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 613.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-O6L / 2-chloranyl-~{N}-[[1-[1-(4-chloranylphenoxy)cyclopentyl]carbonylpiperidin-4-yl]methyl]ethanamide


分子量: 413.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.7), PEG400 (28% (v/v)), 0.19 M CaCl2 and 5% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.55 Å / Num. obs: 38639 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 29.65
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 3845 / CC1/2: 0.976

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.6→45.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.134 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1695 1987 5.1 %RANDOM
Rwork0.13794 ---
obs0.13953 36748 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 29 262 2190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0171955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.92632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.262.7034283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7635239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7222.642106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.63715360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2271513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6941.39962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6891.389961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.372.0871199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.372.0881200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2581.808993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2571.81994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.772.5821434
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.24618.9172385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.85618.3832331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.36733807
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.14 143 -
Rwork0.098 2682 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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