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万見
- PDB-8axo: Crystal structure of the C-terminal domain of Trypanosoma brucei ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8axo
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Trypanosoma brucei CFAP410
要素TbCFAP410-CTD
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Flagella / Coiled-coil
機能・相同性Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / cilium / Leucine-rich repeat protein (LRRP)
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Dong, G. / Stadler, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundI5960-B2 オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of cilia and flagella associated protein 410 (CFAP410) reveal its bimodular organization with an N-terminal LRR motif and a C-terminal tetrameric helical bundle
著者: Dong, G. / Stadler, A.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TbCFAP410-CTD
B: TbCFAP410-CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8272
ポリマ－7,8272
非ポリマー00
水59433
1
A: TbCFAP410-CTD
B: TbCFAP410-CTD

A: TbCFAP410-CTD
B: TbCFAP410-CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6544
ポリマ－15,6544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.107, 40.107, 62.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 259 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 259 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROLEULEUAA259 - 2724 - 17
d_12GLUGLUSERSERAA274 - 27619 - 21
d_13GLUGLULEULEUAA282 - 29027 - 35
d_21PROPROLEULEUBB259 - 2724 - 17
d_22GLUGLUSERSERBB274 - 27619 - 21
d_23GLUGLULEULEUBB282 - 29027 - 35

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.414888869432, -0.817997484866, -0.398431099156), (-0.816003137042, -0.528227217356, 0.234765600509), (-0.402499821565, 0.227719392229, -0.886644106755)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.414888869432, -0.817997484866, -0.398431099156), (-0.816003137042, -0.528227217356, 0.234765600509), (-0.402499821565, 0.227719392229, -0.886644106755)
ベクター: -20.6582407499, -35.6908118029, -0.0374757063738)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TbCFAP410-CTD


分子量: 3913.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb09.211.3240 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38DI2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 5% (v/v) iso-propanol / PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→19.1 Å / Num. obs: 15025 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 22.58 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.16
反射 シェル解像度: 1.29→1.34 Å / Num. unique obs: 1430 / CC1/2: 0.43 / CC star: 0.775

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.29→19.1 Å / SU ML: 0.1764 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.4872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 1516 10.09 %
Rwork0.186 13505 -
obs0.1882 15021 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→19.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数498 0 0 33 531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6112692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.040892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.101872
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.602751331809 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.340.36981270.3111168X-RAY DIFFRACTION97.08
1.34-1.380.27751350.24011212X-RAY DIFFRACTION99.93
1.38-1.440.24331300.21961213X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.50.27571350.18531182X-RAY DIFFRACTION99.92
1.5-1.580.21991370.16911238X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.680.19981390.16891215X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.810.23491390.15491229X-RAY DIFFRACTION99.93
1.81-1.990.20511390.17881235X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.280.20181400.1841230X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.870.17371430.17221263X-RAY DIFFRACTION100
2.88-19.10.21211520.19351320X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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