PDB-8axg: Crystal structure of Fusobacterium nucleatum fusolisin protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8axg

タイトル

Crystal structure of Fusobacterium nucleatum fusolisin protease

要素

Fusolisin

キーワード

HYDROLASE / F. nucleatum / fusolisin / protease / NK cells / CD16 / NKp44 / NKp46 / cancer immune evasion

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusobacterium nucleatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Wiener, R. / Rouvinski, A. / Fahoum, J. / Kumar, M. / Read, R.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fusobacterium nucleatum fusolisin protease
著者: Isupov, M.N. / Wiener, R. / Rouvinski, A. / Fahoum, J. / Kumar, M. / Read, R.J.

履歴

登録	2022年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8axg.cif.gz	501.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8axg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8axg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8axg_validation.pdf.gz	542.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8axg_full_validation.pdf.gz	569.4 KB	表示
XML形式データ	8axg_validation.xml.gz	99.6 KB	表示
CIF形式データ	8axg_validation.cif.gz	144.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Fusolisin

BBB: Fusolisin

CCC: Fusolisin

DDD: Fusolisin

ヘテロ分子

261 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Fusolisin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.4 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Fusolisin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー

3

CCC: Fusolisin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.9 kDa, 1 ポリマー

4

DDD: Fusolisin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.475, 115.475, 196.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	AAA	A	32 - 584	32 - 584
2	1	1	SER	SER	BBB	B	32 - 584	32 - 584
3	2	2	PRO	PRO	AAA	A	25 - 584	25 - 584
4	2	2	PRO	PRO	CCC	C	25 - 584	25 - 584
5	3	3	ILE	ILE	AAA	A	24 - 584	24 - 584
6	3	3	ILE	ILE	DDD	D	24 - 584	24 - 584
7	4	4	SER	SER	BBB	B	32 - 584	32 - 584
8	4	4	SER	SER	CCC	C	32 - 584	32 - 584
9	5	5	SER	SER	BBB	B	32 - 584	32 - 584
10	5	5	SER	SER	DDD	D	32 - 584	32 - 584
11	6	6	PRO	PRO	CCC	C	25 - 584	25 - 584
12	6	6	PRO	PRO	DDD	D	25 - 584	25 - 584

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Fusolisin 分子量: 62997.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) 株: ATCC 25586 / DSM 15643 / BCRC 10681 / CIP 101130 / JCM 8532 / KCTC 2640 / LMG 13131 / VPI 4355 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068B7P9

-
非ポリマー , 5種, 1839分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5 and 20% PEG MME5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→75.42 Å / Num. obs: 149218 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.04→2.07 Å / Num. unique obs: 4433 / CC_1/2: 0.193

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
pointless		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PARROT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: assembly

解像度: 2.04→74.893 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.963 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	7308	4.909 %
R_work	0.1771	141562	-
all	0.179	-	-
obs	-	148870	91.276 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→74.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17055	0	584	1705	19344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	18115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.375	1.659	24364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.899	5	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.958	23.169	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.414	15	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.608	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	11993
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.251	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.942	3.881	9054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.173	5.8	11336
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.185	4.141	9061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.756	6.045	12984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.96	54.1	27808
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.078	0.05	18100
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.075	0.05	18246
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.077	0.05	18294
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	18332
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.074	0.05	18253
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.062	0.05	18461

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0782	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0782	0.0501
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07455	0.0501
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07455	0.0501
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07698	0.0501
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07698	0.0501
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06536	0.0501
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06536	0.0501
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07392	0.0501
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07392	0.0501
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06151	0.0501
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06151	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.04-2.093	0.325	345	0.335	6410	0.335	12056	0.631	0.621	56.0302	0.338
2.093-2.15	0.345	345	0.317	7215	0.318	11743	0.706	0.732	64.3788	0.316
2.15-2.213	0.314	425	0.296	8090	0.296	11385	0.803	0.809	74.7914	0.288
2.213-2.281	0.289	479	0.265	9552	0.266	11063	0.856	0.864	90.6716	0.252
2.281-2.355	0.282	518	0.236	9994	0.238	10793	0.889	0.898	97.3965	0.22
2.355-2.438	0.292	537	0.229	9692	0.233	10350	0.888	0.892	98.8309	0.208
2.438-2.53	0.278	503	0.222	9407	0.225	10021	0.892	0.905	98.8923	0.2
2.53-2.633	0.238	499	0.2	9090	0.202	9665	0.929	0.932	99.2137	0.178
2.633-2.75	0.238	435	0.194	8778	0.196	9298	0.92	0.935	99.0858	0.173
2.75-2.884	0.235	435	0.186	8317	0.188	8801	0.931	0.948	99.4432	0.166
2.884-3.04	0.217	417	0.167	8012	0.17	8473	0.954	0.961	99.4807	0.15
3.04-3.224	0.213	396	0.165	7510	0.168	7936	0.951	0.965	99.622	0.151
3.224-3.446	0.203	355	0.164	7109	0.166	7483	0.959	0.969	99.7461	0.152
3.446-3.721	0.21	342	0.162	6641	0.165	6995	0.961	0.972	99.8285	0.154
3.721-4.075	0.181	314	0.149	6089	0.151	6406	0.971	0.973	99.9532	0.142
4.075-4.555	0.17	237	0.128	5601	0.129	5839	0.976	0.982	99.9829	0.123
4.555-5.256	0.171	248	0.126	4903	0.128	5153	0.975	0.983	99.9612	0.121
5.256-6.43	0.185	210	0.16	4138	0.161	4350	0.972	0.977	99.954	0.153
6.43-9.06	0.182	162	0.156	3217	0.157	3381	0.977	0.98	99.9408	0.151
9.06-74.893	0.143	106	0.163	1797	0.162	1903	0.98	0.973	100	0.161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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