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- PDB-8ax6: Crystal structure of a CGRP receptor ectodomain heterodimer bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ax6
タイトルCrystal structure of a CGRP receptor ectodomain heterodimer bound to macrocyclic inhibitor HTL0029882
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CGRP / CGRPR / ectodomain / RAMP / macrocycle / macrocyclic
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin gene-related peptide binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin binding / CGRP receptor complex / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin binding / CGRP receptor complex / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / cellular response to hormone stimulus / coreceptor activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein localization to plasma membrane / cell chemotaxis / intracellular protein transport / G protein-coupled receptor activity / receptor internalization / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / heart development / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / periplasmic space / lysosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / DNA damage response / cell surface / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-OP9 / Receptor activity-modifying protein 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Southall, S.M. / Watson, S.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Novel Macrocyclic Antagonists of the CGRP Receptor Part 2: Stereochemical Inversion Induces an Unprecedented Binding Mode.
著者: Southall, S.M. / Banerjee, J. / Brown, J. / Butkovic, K. / Cansfield, A.D. / Cansfield, J.E. / Congreve, M.S. / Cseke, G. / Deflorian, F. / Hunjadi, M.P. / Hutinec, A. / Inturi, T.K. / ...著者: Southall, S.M. / Banerjee, J. / Brown, J. / Butkovic, K. / Cansfield, A.D. / Cansfield, J.E. / Congreve, M.S. / Cseke, G. / Deflorian, F. / Hunjadi, M.P. / Hutinec, A. / Inturi, T.K. / Rupcic, R. / Saxty, G. / Watson, S.P.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4464
ポリマ－66,2881
非ポリマー1,1573
水9,026501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area24890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.215, 76.356, 96.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Calcitonin-receptor-like ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1 / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor


分子量: 66288.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, RAMP1, CALCRL, CGRPR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O60894, UniProt: Q16602
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-OP9 / (1~{S},10~{R},20~{E})-12-methyl-10-[(7-methyl-2~{H}-indazol-5-yl)methyl]-15,18-dioxa-9,12,24,26-tetrazapentacyclo[20.5.2.1^{1,4}.1^{3,7}.0^{25,28}]hentriaconta-3(30),4,6,20,22,24,28-heptaene-8,11,27-trione


分子量: 620.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H36N6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 15 % PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.85 Å / Num. obs: 41130 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.52 Å2 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2554 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.508

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RWG

4rwg


解像度: 1.9→29.96 Å / SU ML: 0.2322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 2059 5.07 %
Rwork0.1956 38560 -
obs0.1981 40619 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4477 0 82 501 5060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00354760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66126494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0428694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.07411751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.32041470.24652490X-RAY DIFFRACTION95.82
1.94-1.990.25061270.22072582X-RAY DIFFRACTION98.4
1.99-2.050.23961420.2152608X-RAY DIFFRACTION98.35
2.05-2.110.27821350.21112597X-RAY DIFFRACTION98.2
2.11-2.170.29991270.19772581X-RAY DIFFRACTION97.69
2.17-2.250.24391350.19732559X-RAY DIFFRACTION96.94
2.25-2.340.29521370.19562508X-RAY DIFFRACTION94.9
2.34-2.450.27331540.19972513X-RAY DIFFRACTION94.78
2.45-2.580.25631350.19892485X-RAY DIFFRACTION94.62
2.58-2.740.29441120.18582606X-RAY DIFFRACTION95.57
2.74-2.950.23511400.18512581X-RAY DIFFRACTION97.49
2.95-3.250.24151320.18432636X-RAY DIFFRACTION97.29
3.25-3.720.21421380.17242598X-RAY DIFFRACTION96.88
3.72-4.680.19281600.16972571X-RAY DIFFRACTION95.09
4.68-29.960.22741380.22972645X-RAY DIFFRACTION92.27
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6665674404 Å / Origin y: -2.94585280184 Å / Origin z: -12.8488802129 Å
111213212223313233
T0.108736328777 Å2-0.00550059181987 Å2-0.00691118448549 Å2-0.132437314119 Å20.0111319916084 Å2--0.12175580102 Å2
L0.205458058957 °2-0.133722958944 °2-0.140542533323 °2-0.470719411055 °20.250554361592 °2--0.513550036814 °2
S0.00525775861502 Å °-0.0193540421222 Å °0.019552983439 Å °0.0105976510222 Å °-0.0150105271883 Å °-0.00315076312903 Å °0.00547692601292 Å °0.00108711239417 Å °0.00594199545922 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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