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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8awi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Transthyretin at 1.15 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Transthyretin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Transthyretin / hormone-binding protein / thyroxine / transport / fluorescence / amyloid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Derbyshire, D.J. / Hammarstrom, P. / von Castelmur, E. / Begum, A. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2023 タイトル: Transthyretin Binding Mode Dichotomy of Fluorescent trans -Stilbene Ligands. 著者: Begum, A. / Zhang, J. / Derbyshire, D. / Wu, X. / Konradsson, P. / Hammarstrom, P. / von Castelmur, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8awi.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8awi.ent.gz | 88.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8awi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8awi_validation.pdf.gz | 429.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8awi_full_validation.pdf.gz | 431.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8awi_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8awi_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q9lC 7q9nC 7q9oC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13090.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Evidence for alternative conformation(s) for loop A:100-103 at crystal packing interface. Density not convincing enough to model with full occupancy. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: protein at 5.2mg/ml in 10mM sodium phosphate pH7.6 and 100mM potassium chloride was mixed 1:1 with 1.3-1.6M sodium citrate and 3.5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97993 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97993 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→64.325 Å / Num. obs: 84053 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 23.1 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / Num. unique obs: 39058 / CC1/2: 0.67 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in-house model 解像度: 1.15→64.325 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 107.83 Å2 / Biso mean: 20.7441 Å2 / Biso min: 11.46 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→64.325 Å
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