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- PDB-8aw4: Structure of a complex of biosynthetic proteins bB-E3 and bGFPD-YY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aw4
タイトルStructure of a complex of biosynthetic proteins bB-E3 and bGFPD-YY
要素
  • ALPHAREP bB-E3
  • ALPHAREP bGFPD-YY
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ALPHAREP / ARTIFICIAL PROTEIN / binding hot spot
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-05 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE44-0013 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hot spot induction allows selection of protein binders targeted to a predefined region of a bait protein
著者: Gomes, M. / Degaugue, A. / Gourmelon, F. / Villain, G. / Mesneau, A. / Noiray, M. / Aumont-Nicaise, M. / Li de la Sierra-Gallay, I. / van Tilbeurgh, H. / Valerio-Lepiniec, M. / Minard, P. / Urvoas, A.
履歴
登録2022年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHAREP bB-E3
B: ALPHAREP bGFPD-YY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2202
ポリマ－40,2202
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.330, 124.330, 110.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 ALPHAREP bB-E3


分子量: 21910.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 ALPHAREP bGFPD-YY


分子量: 18310.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: Tris-HCl, sodium acetate,

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.19 Å / Num. obs: 16555 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 2546 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zv6

4zv6


解像度: 2.21→49.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 820 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 16398 98.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.82 Å2 / Biso mean: 67.63 Å2 / Biso min: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5146 Å20 Å20 Å2
2---9.5146 Å20 Å2
3---19.0292 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2260 0 0 45 2305
Biso mean---59.15 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d832SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes401HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2285HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion299SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2655SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2285HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3083HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.19
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3254 145 4.99 %
Rwork0.2891 2762 -
all0.291 2907 -
obs--98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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